蛋白质亚基、蛋白亚基或亚基蛋白在结构生物学中是指参与组成蛋白质复合物（寡聚体或多聚体）的单个蛋白质分子。一个蛋白质亚基就是一条多肽链，而一条多肽链是由一个基因所编码，这就意味着每个亚基都由一个基因编码。
