亞佛加厥 (軟體)

维基百科,自由的百科全书
跳转至: 导航搜索
Avogadro
Avogadro Logo
初始版本 2009年10月23日  (2009-10-23)
穩定版本 1.1.1 / 2013年12月11日;8個月前 (2013-12-11)
預覽版本 Avogadro 2:0.7.2 / 2013年12月23日;8個月前 (2013-12-23)
编程语言 C++ (Qt)
操作系统 Linux, Mac OS X, Microsoft Windows
许可协议 Avogadro 1:GNU通用公共许可证
Avogadro 2:3句版BSD许可证
網站 avogadro.openmolecules.net

亞佛加厥英语Avogadro)是一個分子編輯軟體,是一款自由軟體,被設計用於計量化學分子建模生物化學材料科學, 以及相關領域的跨平台軟體[1][2][3][4]。並且提供添加插件,附加元件或外掛程式的功能[5]。其名稱是以義大利化學家亞佛加厥命名的。

特點[编辑]

使用Avogadro繪製氯雷他定空間填充模型

歷史[编辑]

2007年5月17日發表了Avogadro,為第一次正式公測,也是該軟體首個發佈的版本,0.1.0版,截至2009年6月,已發布到0.9.8版,當時就已經包含了很完整的功能。

2009年6月12日,Avogadro被開源發表於Qt。6月23日,Avogadro榮獲SourceForge社區選 擇獎“院士項目”的獎項。10月23日,Avogadro改版並發布1.0正式版,並使用GNU GPLv2條款[6]。目前最新版本是1.1.1。

2013年4月11日,Avogadro專案釋出Avogadro 2的首個測試版本,其成為Open Chemistry軟體套裝的一部份[7] ,與其他兩個軟體可以一起使用,也能分開執行,使用Qt4重新編寫代碼,並加入了一系列的新功能,且改為使用3句版的BSD许可证授權。

功能[编辑]

基本功能為分子編輯,創建及構造,並可選擇週期表上任意元素,透過更改元素資料庫,甚至能添加一些新的元素,如:電子偶素渺子偶素。另外,程式附有自動加上功能,能依據酸鹼值添加氫原子,並附有分子結構最適化功能,能依據價電子排斥理論分子軌域理論進行計算分子結構。

令外有額外的分子力學生物化學光譜學等功能,但是要先自行準備數據庫方可使用。

程式有內附測量功能,可測得鍵角與鍵長等分子物理量,並且能找出其分子的所有異構物

缺點[编辑]

由於資料庫資料有限,因此作出的分子結構會與實際值有所誤差,因此,使用軟體作出的一些數據僅供參考,應以實際實驗為主,軟體僅作為輔助功用。

例子[编辑]

例如要製作一個丙硫醇,只需現任意將三個連接起來,在使用內附的加上氫功能,然後在任意碳上接一個,最後再使用分子結構最適化,程序會依據分子力學、元素資料、電負度孤對電子數等資訊用不同的模型計算出最接近真實的分子結構

三個碳 三個碳加上氫 分子結構最適化
Three carbon.png Three carbon add hydrogen.png Propanethiol-Animation.gif

相关条目[编辑]

參考文獻[编辑]

  1. ^ Hanwell, Marcus D; Curtis, Donald E; Lonie, David C; Vandermeersch, Tim; Zurek, Eva; Hutchison, Geoffrey R. Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. J. Cheminform. 2012, 4 (1): 17. doi:10.1186/1758-2946-4-17. PMC 3542060. PMID 22889332. 
  2. ^ Ral Mera-Adasme; Fernando Mendizbal; Claudio Olea-Azar; Sebastin Miranda-Rojas; Patricio Fuentealba. A Computationally Efficient and Reliable Bond Order Measure. J. Phys. Chem. A. 2011, 115 (17): 4397–4405. doi:10.1021/jp107498h. PMID 21469689. 
  3. ^ Michael Salciccioli; Weiting Yu; Mark A. Barteau; Jingguang G. Chen; Dionisios G.Vlachos. Differentiation of O–H and C–H Bond Scission Mechanisms of Ethylene Glycol on Pt and Ni/Pt UsingTheory and Isotopic Labeling Experiments. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (20): 7996–8004. doi:10.1021/ja201801t. PMID 21526776. 
  4. ^ Open Babeldocumentation Author: Geoffrey R Hutchison; Noel M O'Boyle; Blue Obelisk (Organization)
  5. ^ home page
  6. ^ 開發者網頁 sourceforge.net [2013-11-21]
  7. ^ Marcus Hanwell. First Open Chemistry Beta Release. [2013-12-16]. 

外部連結[编辑]