分子生態學

维基百科,自由的百科全书
跳转至: 导航搜索

分子生態學微生物學的一個領域,利用分子生物學方法研究微生物生態學。比如研究某些基因在環境中的存在和分佈。

由於很多微生物不能很容易地在實驗室中培養(海水中的0.001~0.1%,土壤中的0.3%左右,活性污泥中1~15%可被分離培養),因此不能用傳統的鑒別和描述菌株的辦法研究它們。另外,隨著聚合酶鏈式反應(PCR)技術的發展,人們可以快速擴增遺傳物質DNA

環境樣品中DNA的擴增通常需要一組用於特定微生物的引物,而得到遺傳物質的混合物,將其分離,隨後進行測序和鑒別。經典的分離辦法是通過克隆,將擴增的DNA片段插入到細菌質粒上實現的。較新的方法包括變性梯度凝膠電泳(DGGE),可以更快地得到結果。

分子生態學的發展也和DNA芯片的使用緊密相關,該技術可以高通量檢測環境中的特定生物或基因。

分子生態學中可以使用很多基因進行研究,在分類學角度,最常應用的基因是核糖體小亞基RNA(SSU rRNA)。而功能性基因的研究有助於判斷微生物在該環境中的活動。

微生物生態學中和分子技術相關的一個重要問題就是,這些生物以主動(進行正常代謝繁殖)還是被動(靜息休眠)的方式存在。這可以用幾種方式來解決: