合肥经济技术学院成立于1989年，隶属于中国国家烟草专卖局，源自1965年成立的安徽劳动大学，1972年与安徽教育学院和合肥师范学院合并，1982年更名为皖南农学院，1989年更名为合肥经济技术学院，交由国家烟草专卖局管理，由局长兼任名誉院长，1999年，整体并入中国科学技术大学，成为中国科技大学技术经济学院，是国家烟草专卖局和中国科学院合作的结果。
现在有一所合肥经济技术职业学院，名称虽然类似，但是后来成立的民办院校，和合肥经济技术学院不是同一所学校。
