吳橋兵變

崇禎三年（1630年）一月，孫元化隨孫承宗鎮守山海關，三月加山東按察副使，五月升登、萊二州巡撫。後袁崇煥殺毛文龍，於皮島的毛文龍舊將嘩變，孫元化接收了皮島的叛將孔有德、耿仲明、李九成、李應元諸將。孔有德被任命為騎兵參將，耿仲明則被派往登州要塞。

崇禎四年（1631年）八月，皇太極率清兵攻大淩河城（今遼寧錦縣），祖大壽受困城內。孫元化急令孔有德以八百騎趕赴前線增援，然登州遼東兵與山東兵素不和，孔有德抵達吳橋時，因遇大雨春雪，部隊給養不足，又部隊行抵吳橋時，與山東人屢有摩擦，縣人皆閉門罷市。有一士兵強取山東望族王象春家僕一雞，該丁被「穿箭遊營」。於是士兵擊殺該家僕，事後象春之子不肯罷休，要求查明真相，李九成把孫元化給的市馬錢花盡，恐遭非議，於是搶劫嘩變。

孔有德受李九成、李應元父子的煽動，在吳橋發動叛變，在山東境內連陷數城，黃龍遭叛兵割去耳鼻，史稱「吳橋兵變」。廣東道御史宋賢上疏抨擊山東巡撫余大成、孫元化：“登萊撫臣孫元化侵餉縱兵，貪穢已極。其所轄士卒，數月間一逞於江東，則劓截主將；再逞于濟南，則攻陷城池，皆法之所不赦者。”，廣西道試御史蕭奕輔指責孫元化放任孔有德，又說張燾「卸罪於波濤，借詞于風汛」。

後孔有德倒戈殺回山東半島，連陷臨邑、陵縣、商河、青城諸城，率兵直趨登州。孫元化急令張燾率遼兵守登州城外，遺總兵官張可大發兵抗擊，以兩路成合擊之勢。但張燾部與孔有德舊職，張燾的兵卒隨即投入孔有德行列，而張可大部自是大敗。與孔有德是舊交的登州中軍耿仲明、陳光福等人，立即舉火開門，崇禎五年（1632年）一月登州便告失陷，擄獲了舊兵六千人、援兵千人、馬三千匹、餉銀十萬兩、紅夷大砲二十餘位，西洋砲三百位。總兵張可大斬殺其妾陳氏後，上吊自盡，孫元化自殺未成，不向叛軍妥協，城中葡萄牙人有西勞經、魯未略、拂朗亞蘭達、方斯谷、額弘略、恭撒彔、安尼、阿彌額爾、薩琮、安多、兀若望、伯多彔等12人死亡，15人重傷。孔有德念舊，五年二月將元化和宋光蘭、王徵、張燾等人放還。孫元化與余大成、張燾回到京師，為政敵陝西道試御史余應桂、兵科給事中李夢辰所陷害，元化送鎮撫司，獄中遭到酷刑，「手受刑五次，加掠二百餘」。首輔周延儒欲免元化死罪，求救於徐光啟，終無法挽回。崇禎五年七月二十三日（1632年9月7日）孫元化與張燾同被處死。宋光蘭和王徵、余大成充軍。

崇禎五年八月孔有德兵敗於沙河的祖大弼、張韜等關外兵，萊州之圍遂解。六年四月，孔有德、耿仲明從鎮江堡（臨鴨綠江出海口）降後金，降書曰：“本帥現有甲兵數萬，輕舟百餘，大砲、火器俱全。有此武器，更與明汗同心協力，水陸並進，勢如破竹，天下又誰敢與汗為敵乎？”皇太極出郊十里迎接，日後成為大清南下橫掃千里的大軍。