多重序列比對

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電腦程式ClustalW,以多個生物個體的酸性核醣體蛋白P0(acidic ribosomal protein P0;L10E)的前90個位置所作的多重序列比對。

多重序列比對Multiple sequence alignmentMSA)是對三個以上的生物學序列(biological sequence),如蛋白質序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比對。一般來說,是輸入一組假定擁有演化關係的序列。從MSA的結果可推導出序列的同源性,而種系發生關係也可引導出這些序列共同的演化始祖。如右圖般的視覺化敘述可描繪出各種突變事件,例如點突變的單格變化,或是如刪除突變與插入突變,可使各個序列之間產生鴻溝。MSA常用來研究序列的保守性(conservation),或是蛋白質結構域三級結構二級結構,甚至是個別的氨基酸核苷酸

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相關文獻[编辑]

  • Duret, L.; S. Abdeddaim. Multiple alignment for structural functional or phylogenetic analyses of homologous sequences//In D. Higgins and W. Taylor. Bioinformatics sequence structure and databanks. Oxford: Oxford University Press. 2000. 
  • Notredame, C. Recent progresses in multiple sequence alignment: a survey. Pharmacogenomics. 2002, 31 (1): 131 –– 144. 
  • Thompson, J. D.; F. Plewniak and O. Poch. A comprehensive comparison of multiple sequence alignment programs. Nucleic Acids Research. 1999, 27 (13): 12682––2690. 
  • Wallace, I.M.; Blackshields G and Higgins DG. Multiple sequence alignments. Curr Opin Struct Biol. 2005, 15 (3): 261–6.