内生孢子（英语：endospore，又称芽孢或内孢子）是某些特殊种群的细菌，主要是芽孢杆菌属Bacillus与梭菌属Clostridium中细菌产生的特殊休眠体，有极强的抗逆性，对热、碱、酸、高渗以及辐射均有强耐受性。通常使用的杀灭芽孢的方法为高压灭菌。普通的巴斯德消毒法无法杀灭芽孢。
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细胞膜
細胞壁：肽聚糖（NAM、NAG、DAP）
仅存在于革兰氏阳性菌中：磷壁酸 · 脂磷壁酸 · 内生孢子
仅存在于革兰氏阴性菌中：细菌外膜（孔道蛋白、脂多糖） · 周质空间
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