雜交探針(英语:Hybridization probe)是一小段單鏈DNA片段(十幾到幾百個鹼基),用於檢測與其互補的核酸序列。雙鏈DNA加熱變性成爲單鏈,隨後用放射性同位素(通常用32P)、螢光染料或者酶(如辣根過氧化物酶)標記成爲探針。32P通常被摻入組成DNA的四種核苷酸之一的磷酸基團中,而熒光染料和酶與核酸序列以共價鍵相連。
當將探針與樣品雜交時,探針和與其互補的核酸(DNA或RNA)序列通過氫鍵緊密相連,隨後,未被雜交的多餘探針被洗去。最後,根據探針的種類,可進行放射自顯影、螢光顯微鏡、酶聯放大等方法來判斷樣品中是否,或者何位置含有被測序列(即與探針互補的序列)。