16S 核糖体RNA

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嗜热栖热菌Thermus thermophilus)的30S亚基的三维分子结构图。分子中的淡蓝色部分为蛋白质,淡橙色部分为RNA单链。[1]

16S 核糖体RNA(16S ribosomal RNA,或简称为 16S rRNA)是原核生物核糖体30S 亚基的组成部分。16S rRNA的长度约为1,542 nt卡尔·乌斯乔治·E·福克斯英语George E. Fox是率先在系统发育中使用的16S rRNA基因的两个人。

一个细菌细胞中可包含多个具有不同序列的16S rRNA。[2]

功能[编辑]

已知16S rRNA具有如下几项功能:

结构[编辑]

16S.svg

通用引物[编辑]

由于不同种的真细菌古细菌间的16S rRNA基因16S rDNA)是高度保守的[4],16S rDNA常被用于对各种生物进行的系统发生学方面的研究[5]这种运用16S rRNA对生物进行系统发生学研究的方法由卡尔·沃斯(Carl Woese)开创[6]。另外,线粒体叶绿体中的rRNA也都被扩增了。 在获得能提供系统发育学信息的16S rRNA分子时需要利用通用PCR引物对16S rRNA分子进行扩增。 16S rRNA序列的对比分析需要在这类“通用引物”的脱氧核糖核酸分子的辅助下完成,这类分子具有如下序列:

  • 8UA正向:5'-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3'
  • 519B反向:5’-GTA TTA CCG CGG CKG CTG-3'
  • 反向:ACG GCT ACC TTG TTA CGA CTT

这类引物因并未在近期发现的几种属于纳古菌门Nanoarchaeota)的热液古菌[7]中分离识别出来,也被称为准通用引物

PCR中的应用[编辑]

参考文献[编辑]

  1. ^ Schluenzen F, Tocilj A, Zarivach R, Harms J, Gluehmann M, Janell D, Bashan A, Bartels H, Agmon I, Franceschi F, Yonath A 在3.3 Å解析度下具有功能活性的核糖体小亚基. Structure of functionally activated small ribosomal subunit at 3.3 angstroms resolution. Cell. 2000, 102 (5): 615–23. doi:10.1016/S0092-8674(00)00084-2. PMID 11007480. 
  2. ^ Case RJ, Boucher Y, Dahllöf I, Holmström C, Doolittle WF, Kjelleberg S. Use of 16S rRNA and rpoB genes as molecular markers for microbial ecology studies. Appl. Environ. Microbiol. 2007-01, 73 (1): 278–88. doi:10.1128/AEM.01177-06. PMC 1797146. PMID 17071787. 
  3. ^ 3.0 3.1 聂剑初、吴国利、张翼伸、杨绍钟、刘鸿铭. 生物化学简明教程. 北京: 高等教育出版社. 1996年6月(2002年重印): 59. ISBN 7-04-007259-9. 
  4. ^ Coenye T, Vandamme P. 在已测序细菌基因组中的多种16S rRNA操纵子的基因内接合的不均一性. FEMS Microbiol. Lett. 2003-11, 228 (1): 45–9. doi:10.1016/S0378-1097(03)00717-1. PMID 14612235. 
  5. ^ 系统发育学研究中对16S rDNA扩增的运用 W G Weisburg, S M Barns, D A Pelletier and D J Lane; J Bacteriol. 1991 January; 173(2): 697-703
  6. ^ Woese, C. R.; G. E. Fox. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms. Proceedings of the National Academy of Sciences. 1977-11-01, 74 (11): 5088–5090. Bibcode:1977PNAS...74.5088W. doi:10.1073/pnas.74.11.5088. ISSN 0027-8424. PMC 432104. PMID 270744. open access publication - free to read 编辑
  7. ^ Huber H, Hohn MJ, Rachel R, Fuchs T, Wimmer VC, Stetter KO. 一个新发现的由一个纳米嗜热古菌的共生体代表的古菌门. Nature. 2002, 417 (6884): 63–7. doi:10.1038/417063a. PMID 11986665. 

外部链接[编辑]