16S 核糖体RNA

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嗜热栖热菌Thermus thermophilus)的30S亚基的三维分子结构图。分子中的淡蓝色部分为蛋白质,淡橙色部分为RNA单链。[1]

16S 核糖体RNA(16S ribosomal RNA,或简称为 16S rRNA)是原核生物核糖体30S 亚基的组成部分。16S rRNA的长度约为1,542 nt卡尔·乌斯乔治·E·福克斯英语George E. Fox是率先在系统发育中使用的16S rRNA基因的两个人。

一个细菌细胞中可包含多个具有不同序列的16S rRNA。[2]

功能[编辑]

已知16S rRNA具有如下几项功能:

结构[编辑]

16S.svg

通用引物[编辑]

由于不同种的真细菌古细菌间的16S rRNA基因16S rDNA)是高度保守的[4],16S rDNA常被用于对各种生物进行的系统发生学方面的研究[5]这种运用16S rRNA对生物进行系统发生学研究的方法由卡尔·沃斯(Carl Woese)开创[6]。另外,线粒体叶绿体中的rRNA也都被扩增了。 在获得能提供系统发育学信息的16S rRNA分子时需要利用通用PCR引物对16S rRNA分子进行扩增。 16S rRNA序列的对比分析需要在这类“通用引物”的脱氧核糖核酸分子的辅助下完成,这类分子具有如下序列:

  • 8UA正向:5'-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3'
  • 519B反向:5’-GTA TTA CCG CGG CKG CTG-3'
  • 反向:ACG GCT ACC TTG TTA CGA CTT

这类引物因并未在近期发现的几种属于纳古菌门Nanoarchaeota)的热液古菌[7]中分离识别出来,也被称为准通用引物

PCR中的应用[编辑]

参考文献[编辑]

  1. ^ Schluenzen F, Tocilj A, Zarivach R, Harms J, Gluehmann M, Janell D, Bashan A, Bartels H, Agmon I, Franceschi F, Yonath A 在3.3 Å解析度下具有功能活性的核糖体小亚基. Structure of functionally activated small ribosomal subunit at 3.3 angstroms resolution. Cell. 2000年, 102 (5): 615–23. doi:10.1016/S0092-8674(00)00084-2. PMID 11007480. 
  2. ^ Case RJ, Boucher Y, Dahllöf I, Holmström C, Doolittle WF, Kjelleberg S. Use of 16S rRNA and rpoB genes as molecular markers for microbial ecology studies. Appl. Environ. Microbiol. 2007年January月, 73 (1): 278–88. doi:10.1128/AEM.01177-06. PMC 1797146. PMID 17071787. 
  3. ^ 3.0 3.1 聂剑初、吴国利、张翼伸、杨绍钟、刘鸿铭. 生物化学简明教程. 北京: 高等教育出版社. 1996年6月(2002年重印): 59. ISBN 7-04-007259-9. 
  4. ^ Coenye T, Vandamme P. 在已测序细菌基因组中的多种16S rRNA操纵子的基因内接合的不均一性. FEMS Microbiol. Lett. 2003年November月, 228 (1): 45–9. doi:10.1016/S0378-1097(03)00717-1. PMID 14612235. 
  5. ^ 系统发育学研究中对16S rDNA扩增的运用 W G Weisburg, S M Barns, D A Pelletier and D J Lane; J Bacteriol. 1991 January; 173(2): 697-703
  6. ^ Woese, C. R.; G. E. Fox. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms. Proceedings of the National Academy of Sciences. 1977-11-01, 74 (11): 5088–5090. Bibcode:1977PNAS...74.5088W. doi:10.1073/pnas.74.11.5088. ISSN 0027-8424. PMC 432104. PMID 270744. open access publication - free to read 编辑
  7. ^ Huber H, Hohn MJ, Rachel R, Fuchs T, Wimmer VC, Stetter KO. 一个新发现的由一个纳米嗜热古菌的共生体代表的古菌门. Nature. 2002年, 417 (6884): 63–7. doi:10.1038/417063a. PMID 11986665. 

外部链接[编辑]