已測序真核生物基因組列表

維基百科，自由的百科全書
釀酒酵母是確定其完整基因組序列的第一個真核生物。

已測序真核生物基因組列表包括所有已知的，可以公開獲取已組裝、註釋和發表的細胞核和細胞器基因組序列的真核生物；基因組草圖不包括在內，只有細胞器序列的物種也不包括。

1977年，第一次出現DNA測序。1995年，細菌流感嗜血桿菌第一個完成了全基因組序列。1996年，釀酒酵母是第一個發佈的真核生物基因組序列。1998年，發佈了第一個多細胞真核生物基因組序列，秀麗隱杆線蟲。

原生生物[編輯]

以下是最早的5個完成基因組測序的原生生物。更完整的列表，請參閱已測序原生生物基因組列表（英語：List of sequenced protist genomes）。

植物[編輯]

以下是最早的5個完成基因組測序的植物，更完整的列表，請參閱已測序植物基因組列表

物種學名 類型 意義 基因組大小 預測的基因數 完成機構 完成年份
Arabidopsis thaliana
生態型:哥倫比亞 		擬南芥 模式植物 119 Mb 25,498,[1] 27,400,[2] 31,670 (UniProt) Arabidopsis Genome Initiative[3] 2000[1]
Cyanidioschyzon merolae
Strain:10D 		紅藻 單細胞真核生物 16.5 Mb 5,331[4] University of Tokyo, Rikkyo University, Saitama University and Kumamoto University 2004[4]
Oryza sativassp
ssp indica 		大米 Crop and model organism 420 Mb 32-50,000[5] Beijing Genomics Institute、浙江大學、中國科學院 2002[5]
Ostreococcus tauri 綠藻 單細胞真核生物，基因組較小 12.6 Mb 7,969 (UniProt) Laboratoire Arago 2006[6]
Populus trichocarpa Balsam poplar or Black Cottonwood 固碳模式植物，商業木材and comparison to A. thaliana 550 Mb 45,555[7] The International Poplar Genome Consortium 2006[7]

真菌[編輯]

以下是最早的5個完成基因組測序的真菌，更完整的列表，請參閱已測序真菌基因組列表（英語：List of sequenced fungi genomes）。

物種 綱 意義 基因組大小 預測基因數目 完成機構 完成年份
釀酒酵母
Saccharomyces cerevisiae
品系：S288C 		酵母菌綱 用於釀造啤酒的酵母；常用的模式生物 12.1 Mb 6,294[8] 大規模國際合作項目[9] 1996[8]
家兔腦胞內原蟲
Encephalitozoon cuniculi 		微孢子蟲綱 人類病原體 2.9 Mb 1,997[10] Genoscope和Université Blaise Pascal 2001[10]
粟酒裂殖酵母
Schizosaccharomyces pombe
品系：972h- 		裂殖酵母綱 模式生物 14 Mb 4,824[11] 桑格研究所和冷泉港實驗室 2002[11]
粉色麵包黴菌
Neurospora crassa 		糞殼菌綱 模式生物 40 Mb 10,082[12] Broad Institute、俄勒岡健康與科學大學、肯塔基大學和堪薩斯大學 2003[12]
黃孢原毛平革菌
Phanerochaete chrysosporium
品系：RP78 		傘菌綱 木材腐朽真菌；常用於真菌修復 30Mb 11,777[13] Joint Genome Institute 2004[13]

動物[編輯]

以下是最早的5個完成基因組測序的動物，更完整的列表，請參閱已測序動物基因組列表。

物種 類型 意義 基因組大小 預測的基因數目 完成機構 完成年份
秀麗隱桿線蟲
Caenorhabditis elegans
品系：Bristol N2 		線蟲動物門 模式動物 100 Mb 19,000[14] 華盛頓大學和維康桑格研究所 1998[14]
黑腹果蠅
Drosophila melanogaster 		果蠅 模式動物 165 Mb 13,600[15] 塞雷拉基因組公司、加利福尼亞大學柏克萊分校、貝勒醫學院、歐洲DGP 2000[15]
岡比亞瘧蚊
Anopheles gambiae
品系：PEST 		蚊子 瘧疾的載體 278 Mb 13,683[16] 塞雷拉基因組公司和法國國家基因測序中心 2002[16]
紅鰭東方魨
Takifugu rubripes 		四齒魨科 脊椎動物中的最小基因組 390 Mb 22–29,000[17] 國際河豚基因體協會[18] 2002[19]
智人
Homo sapiens 		哺乳動物 3.2 Gb[20] 18,826（CCDS估計） 人類基因組計劃委員會和塞雷拉基因組公司 草圖：2001[21][22]
完成：2006[23]

參見[編輯]

病毒
細菌
古菌
真核生物
動物
植物
擬南芥 · 水稻 · 蘋果  · 草莓  · 木豆  · 苜蓿  · 木瓜 · 葡萄 · 鹽芥 · 毛竹  · 梨
真菌

參考資料[編輯]

  1. ^ 1.0 1.1 The Arabidopsis Genome Initiative,. Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana. Nature. December 2000, 408 (6814): 796–815. PMID 11130711. doi:10.1038/35048692. 
  2. ^ Ensembl entry. [2012-03-08]. （原始內容存檔於2020-07-24）. 
  3. ^ Arabidopsis Genome Initiative 互聯網檔案館的存檔，存檔日期2006-02-07.
  4. ^ 4.0 4.1 Matsuzaki M; Misumi O; Shin-I T; et al. Genome sequence of the ultrasmall unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae 10D. Nature. April 2004, 428 (6983): 653–7. Bibcode:2004Natur.428..653M. PMID 15071595. doi:10.1038/nature02398. 
  5. ^ 5.0 5.1 Goff SA; Ricke D; Lan TH; et al. A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. japonica). Science. April 2002, 296 (5565): 92–100. Bibcode:2002Sci...296...92G. PMID 11935018. doi:10.1126/science.1068275. 
  6. ^ Derelle E; Ferraz C; Rombauts S; et al. Genome analysis of the smallest free-living eukaryote Ostreococcus tauri unveils many unique features. PNAS. August 2006, 103 (31): 11647–52. Bibcode:2006PNAS..10311647D. PMC 1544224 可免費查閱. PMID 16868079. doi:10.1073/pnas.0604795103. 
  7. ^ 7.0 7.1 Tuskan GA; Difazio S; Jansson S; et al. The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray). Science. September 2006, 313 (5793): 1596–604. Bibcode:2006Sci...313.1596T. PMID 16973872. doi:10.1126/science.1128691. 
  8. ^ 8.0 8.1 Goffeau A, Barrell BG, Bussey H, et al. Life with 6000 genes. Science. October 1996, 274 (5287): 546, 563–7. Bibcode:1996Sci...274..546G. PMID 8849441. doi:10.1126/science.274.5287.546. 
  9. ^ International Collaboration for the Yeast Genome Sequencing 互聯網檔案館的存檔，存檔日期2007-09-27.
  10. ^ 10.0 10.1 Katinka MD, Duprat S, Cornillot E, et al. Genome sequence and gene compaction of the eukaryote parasite Encephalitozoon cuniculi. Nature. November 2001, 414 (6862): 450–3. PMID 11719806. doi:10.1038/35106579. 
  11. ^ 11.0 11.1 Wood V, Gwilliam R, Rajandream MA, et al. The genome sequence of Schizosaccharomyces pombe. Nature. February 2002, 415 (6874): 871–80. PMID 11859360. doi:10.1038/nature724. 
  12. ^ 12.0 12.1 Galagan JE, Calvo SE, Borkovich KA, et al. The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa. Nature. April 2003, 422 (6934): 859–68. Bibcode:2003Natur.422..859G. PMID 12712197. doi:10.1038/nature01554. 
  13. ^ 13.0 13.1 Martinez, Diego; Larrondo, Luis F; Putnam, Nik; Gelpke, Maarten D Sollewijn; Huang, Katherine; Chapman, Jarrod; Helfenbein, Kevin G; Ramaiya, Preethi; et al. Genome sequence of the lignocellulose degrading fungus Phanerochaete chrysosporium strain RP78. Nature Biotechnology. 2004, 22 (6): 695–700. PMID 15122302. doi:10.1038/nbt967. 
  14. ^ 14.0 14.1 C. elegans Sequencing Consortium. Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology. Science. December 1998, 282 (5396): 2012–8. Bibcode:1998Sci...282.2012.. PMID 9851916. doi:10.1126/science.282.5396.2012. 
  15. ^ 15.0 15.1 Adams MD, Celniker SE, Holt RA, et al. The genome sequence of Drosophila melanogaster. Science. March 2000, 287 (5461): 2185–95. Bibcode:2000Sci...287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639 可免費查閱. PMID 10731132. doi:10.1126/science.287.5461.2185. 
  16. ^ 16.0 16.1 Holt RA, Subramanian GM, Halpern A, et al. The genome sequence of the malaria mosquito Anopheles gambiae. Science. October 2002, 298 (5591): 129–49. Bibcode:2002Sci...298..129H. CiteSeerX 10.1.1.149.9058 可免費查閱. PMID 12364791. S2CID 4512225. doi:10.1126/science.1076181. H
  17. ^ International Fugu Genome Consortium. Forth Genome Assembly 互聯網檔案館的存檔，存檔日期2012-02-05.
  18. ^ International Fugu Genome Consortium 互聯網檔案館的存檔，存檔日期2012-02-05.
  19. ^ Aparicio S, Chapman J, Stupka E, et al. Whole-genome shotgun assembly and analysis of the genome of Fugu rubripes. Science. August 2002, 297 (5585): 1301–10. Bibcode:2002Sci...297.1301A. PMID 12142439. S2CID 10310355. doi:10.1126/science.1072104. 
  20. ^ Human Genome Sequencing Consortium, International. Finishing the euchromatic sequence of the human genome. Nature. October 2004, 431 (7011): 931–45. Bibcode:2004Natur.431..931H. PMID 15496913. doi:10.1038/nature03001 可免費查閱. 
  21. ^ McPherson JD, Marra M, Hillier L, et al. A physical map of the human genome. Nature. February 2001, 409 (6822): 934–41. Bibcode:2001Natur.409..934M. PMID 11237014. doi:10.1038/35057157 可免費查閱. 
  22. ^ Venter JC, Adams MD, Myers EW, et al. The sequence of the human genome. Science. February 2001, 291 (5507): 1304–51. Bibcode:2001Sci...291.1304V. PMID 11181995. doi:10.1126/science.1058040 可免費查閱. 
  23. ^ Gregory SG, Barlow KF, McLay KE, et al. The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1. Nature. May 2006, 441 (7091): 315–21. Bibcode:2006Natur.441..315G. PMID 16710414. doi:10.1038/nature04727 可免費查閱. 

外部連結[編輯]

取自 "https://zh.wikipedia.org/w/index.php?title=已测序真核生物基因组列表&oldid=80809216"