瓦片陣列

瓦片陣列應用中覆蓋基因組兩種方法的對比。

瓦片陣列（英語：Tiling array，亦稱為覆瓦陣列）是微陣列晶片中的一種子類型。類似於傳統微陣列，瓦片陣列通過將標記的DNA或RNA靶分子雜交到固定在固體表面上的探針而發揮作用。

瓦片陣列與傳統微陣列之間的不同之處在於探針的性質：瓦片陣列的探針並不是對散列在整個基因組中的已知或預測基因的序列進行探測，而是對連續區域內存在的已知序列進行密集地探測。這有助於表徵已測序但功能卻知之甚少的區域。瓦片陣列可用於：輔助轉錄物組作圖、發現DNA/蛋白質相互作用（ChIP-chip和DamID）位點、DNA甲基化（MeDIP-chip）位點、DNA酶敏感（DNase Chip）位點及陣列比較基因組雜交。瓦片陣列除了可以檢測之前未鑑定的基因及調控序列，還可能對轉錄產物進行深度定量。被稱為「特徵」的瓦片陣列單位中，特異性探針的拷貝數可上數百位（而在傳統陣列中僅有少數幾個），而密佈在每張陣列上的特徵數則在10,000到大於6,000,000個之多。可以通過調節探針與探針之間重疊的序列多少、探針序列間已知鹼基的數量或探針長度而達到改變作圖解像度的目的。對於如擬南芥這樣較小的基因組，瓦片陣列甚至可對全基因組進行探測。瓦片陣列是全基因組關聯分析中應用的有力方法。