巢元方(?-7世纪),隋代醫學家。生卒年不詳。曾任太醫博士,後升太醫令。
大業五年八月(609年),傳聞開河都護麻叔謀在寧陵(今河南境內)開鑿運河,患風逆症,隋煬帝命巢元方前往探視治療。巢元方診斷後認為是風入腠理,病在胸臆,以羊肉為藥食之,藥未盡即病癒[1]。
大業六年(610年)主持編撰《諸病源候論》五十卷[註 1]。