慈雲寺是位在台灣嘉義縣阿里山鄉的寺院,舊名阿里山寺。
台灣日治時代大正8年(1919年),作為曹洞宗的「阿里山寺」建立。本尊是泰國國王贈予大正天皇的釋迦牟尼佛像,後由當時的曹洞宗管長日置默仙祀於本寺。戰後改稱「慈雲寺」直到現在。