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核糖核酸

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mRNA的球棍模型,其中灰色小球代表碳原子,紅色小球代表氧原子,藍色小球代表氮原子,橘色小球代表磷原子
圖爲mRNA前體上的一段莖環結構。含氮鹼基以綠色表示,而磷酸-核糖骨架則以藍色表示。注意莖(雙鏈)結構是由一條RNA單鏈通過摺疊形成

核糖核酸英语:Ribonucleic acid),簡稱RNA,係一類由核糖核苷酸通過3',5'-磷酸二酯鍵聚合而成的線性大分子[1]。自然界中的RNA通常是單鏈的,且RNA中最基本的四種鹼基爲A(腺嘌呤)、U(尿嘧啶)、G(鳥嘌呤)、C(胞嘧啶)[註 1],相對的,與RNA同爲核酸的DNA通常是雙鏈分子,且含有的含氮鹼基爲A(腺嘌呤)、T(胸腺嘧啶)、G(鳥嘌呤)、C(胞嘧啶)四種。

RNA有着多種多樣的功能,可在遺傳編碼翻譯、調控、基因表達等過程中發揮作用。按RNA的功能,可將RNA分爲多種類型。比如,在細胞生物中,mRNA(信使RNA)爲遺傳信息的傳遞者,它能夠指導蛋白質的合成。因爲mRNA有編碼蛋白質的能力,它又被稱爲編碼RNA。而其他沒有編碼蛋白質能力的RNA則被稱爲非編碼RNA(ncRNA)。它們或通過催化生化反應,或通過調控或參與基因表達過程發揮相應的生物學功能。比如,tRNA(轉運RNA)在翻譯過程中起轉運RNA的作用,rRNA(核糖體RNA)於翻譯過程中起催化肽鏈形成的作用,sRNA英语small RNA(小RNA)起到調控基因表達的作用。此外,RNA病毒甚至以RNA作爲它們的遺傳物質。

RNA通常由DNA通過轉錄生成。RNA在細胞中廣泛分佈,真核生物的細胞核細胞質粒線體中都有RNA[2]:36

與DNA的比較[编辑]

RNA分子中的含氮鹼基
50S核糖體亞單位的3D結構示意圖。rRNA以土黃色表示,蛋白質以藍色表示。活性位點爲rRNA的一個小片段,以紅色標出

RNA的分子結構與DNA非常相似,但是,兩者有以下三個主要不同點:

  • 與通常是雙鏈的DNA不同,RNA通常是單鏈的,而且長度一般比DNA短得多[3][4]。不過,單鏈RNA可以通過摺疊形成雙鏈結構(這樣的雙鏈結構亦被稱爲「」),tRNA中即有這樣的結構。
  • DNA中的戊糖爲脫氧核糖,而RNA中的戊糖爲核糖[5],其區別在於,脫氧核糖的2位碳上連接的是氫原子,而核糖的2位碳上連接的是羥基)。2位碳上的羥基降低了RNA的穩定性,因爲它使得RNA更易被水解。
  • 在DNA中,與腺嘌呤(A)互補的含氮鹼基是胸腺嘧啶(T),而在RNA中,與腺嘌呤(A)互補的含氮鹼基是尿嘧啶(U),它比胸腺嘧啶少了一個甲基[6]

與DNA相似,大部分有生物活性的RNA,包括mRNAtRNArRNAsnRNA,以及其他一些非編碼RNA,雖然是單鏈,但含有自我互補的序列,能使得它們能進行摺疊[7],形成互補雙鏈結構(莖)。對RNA的分析表明,它們有着相對更複雜的結構。和DNA不同,RNA的二級結構並不是單純的雙螺旋,而由一系列短的二級結構構成。通過這些短的二級結構的組合,RNA甚至可以擁有與蛋白質相似的結構,並像那樣催化化學反應(這樣的RNA被稱爲核酶[8]。比如,對核糖體進行分析表明,其催化成肽反應的活性位點完全由RNA構成[9]

結構[编辑]

siRNA(小干擾RNA)中的鹼基互補配對(圖中省略了氫原子)

RNA的單體爲核糖核苷酸,其中的戊糖爲核糖,依系統命名法可將其中的碳原子從1'編號至5'。含氮鹼基與1'碳原子相連。RNA中最基本的四種鹼基分別爲A(腺嘌呤)、U(尿嘧啶)、G(鳥嘌呤)、C(胞嘧啶)。其中,腺嘌呤和鳥嘌呤爲雙環的嘌呤,尿嘧啶和胞嘧啶爲單環的嘧啶。磷酸基團與一個核糖殘基的3'碳原子相連,與下一個核糖核苷酸的5'碳原子相連。磷酸基團在生理pH下,並不都能帶上負電荷,因而RNA在生理條件下是帶電荷分子(聚陰離子)。C和G、U和A、G和U之間能夠形成氫鍵[10]。不過,鹼基之間也可能發生其他一些相互作用。比如,在一個凸出部分中,一群腺嘌呤可以互相連接[11],GNRA四環中有一個G-A鹼基對[10]

RNA的分子結構

核糖的2位碳上連有羥基爲RNA的一個重要結構特點。這類羥基使得RNA雙鏈的結構應與A型構象最接近[12],不過,在單鏈的某些二核苷酸環境下,也有極小的可能形成DNA最常見的B型螺旋構象[13]。A型構象使得RNA雙鏈的大溝狹窄而深,小溝淺而寬[14]。在RNA分子的構象高度可變區域(即不生成雙鏈結構的區域),2'-OH還能攻擊附近的磷酸二酯鍵,使得核糖-磷酸鏈斷裂[15]

通過轉錄,僅僅能使RNA鏈上帶A、U、G、C四種含氮鹼基[16]不過,轉錄後修飾能夠通過多種途徑對RNA進行改造。比如,轉錄後修飾能夠將稀有鹼基假尿嘧啶英语Pseudouridine(Ψ)加到RNA鏈上。假尿嘧啶與核糖之間的化學鍵是C-C鍵而不是尿嘧啶(U)的C-N鍵。胸腺嘧啶加到RNA鏈上的情形也很常見(最典型的例子是tRNA的TΨC環)[17]。另外,次黃嘌呤也是一種常見的稀有鹼基。次黃嘌呤爲腺嘌呤的脫氨產物,含有次黃嘌呤的核苷被稱爲肌苷(I)。在基因編碼擺動假說中,肌苷有重要的作用[18]

除以上列出的之外,經過編輯的核苷還有100多種[19]。由修飾引發的結構性變化在tRNA中最爲明顯[20],假尿嘧啶與經常在rRNA中出現2'-甲氧基核糖英语2'-O-methylation是最常見的修飾產物[21]。這些修飾的具體作用還沒有完全闡明。不過,值得注意的是,在rRNA中,許多的轉錄後修飾發生在高度功能化的區域,比如肽基轉移酶催化中心以及亞基結合部位,似乎說明轉錄後修飾對RNA發揮正常功能來說相當重要[22]

具有催化功能的單鏈RNA分子,和蛋白質相類似,需要特殊的RNA三級結構英语Nucleic acid tertiary structure。通過分子內氫鍵形成的二級結構原件構成了三級結構的框架。二級結構形成了許多可識別的「結構域」——比如莖環結構、膨大結構(bulges)、內環結構英语internal loop[23]。因爲RNA分子帶電荷,不少二級結構和三級結構需要Mg2+等金屬離子來進行穩定[24]

自然界中的RNA均是由D-核糖核苷酸聚合而成的D-RNA。使用L-核糖核苷酸則可合成L-RNA。L-RNA對RNA酶的耐受力要強得多[25]

合成與修飾[编辑]

RNA的合成一般由RNA聚合酶催化。RNA聚合酶以DNA爲模板,通過轉錄合成RNA。轉錄起始於RNA聚合酶與啓動子的結合(啓動子一般位於基因的上游)。因爲RNA聚合酶自帶解旋酶活性,僅依靠RNA聚合酶即可實現DNA雙鏈的解開。轉錄過程中,RNA聚合酶以3'端至5'端的方向讀取DNA模板鏈,並以5'端到3'端的方向合成與之反向平行互補的RNA鏈。轉錄的終止由終止子介導。原核生物的終止子有兩類:簡單終止子與ρ因子依賴性終止子。簡單終止子僅靠RNA形成二級結構即可終止轉錄,而後者在ρ因子的作用下才可以使轉錄終止。真核生物的轉錄終止則與轉錄後修飾密切相關[2]:323[26][27]:531-535

在真核生物中,RNA的初始轉錄物英语Primary transcript通常會經過轉錄後修飾。比如,真核生物的mRNA大都會被加上Poly(A)尾(多腺嘌呤尾巴)以及5'端帽,mRNA前體中含有的內含子序列也會被剪接體切除[27]:580-581

一些RNA是由RNA複製酶(RNA依賴性RNA聚合酶)以RNA爲模板催化合成的。比方說,RNA病毒通過RNA複製酶複製其遺傳物質[28]。另外,RNA複製酶亦參與了眾多生物體的RNA干涉過程[29]

分類[编辑]

细胞中,根據結構功能的不同,RNA主要分三類,即tRNArRNA,以及mRNA。mRNA是依據DNA序列轉錄而成的蛋白質合成模板;tRNA是mRNA上遺傳密碼的識別者和氨基酸的轉運者;rRNA是組成核糖体的部分,而核糖體是蛋白質合成的機械。

細胞中還有許多種類和功能不一的小型RNA,像是組成剪接體(spliceosome)的snRNA,負責rRNA成型的snoRNA,以及參與RNAi作用的miRNAsiRNA等,可調節基因表現。而其他如I、II型内含子、RNase P、HDV、核糖體RNA等等都有催化生化反應過程的活性,即具有的活性,這類RNA被稱為核酶

调控RNA[编辑]

許多種類的RNA,能夠透過與mRNA或DNA上的基因片段,部分互補的方式,來調降基因表現。例如在真核生物細胞內,所發現的微RNA(miRNA; 21-22 nt),能引發RNA干擾。miRNA與酵素複合體,會切碎mRNA,阻止該mRNA被轉譯,或加速其降解。[30][31]

雖然小干擾RNA(siRNA; 20-25 nt)的產生,通常是由分解病毒RNA得到,然而也存在內源性的siRNA。[32][33]而siRNA引發RNA干擾的機制類似miRNA,有些miRNA和siRNA,能造成其目標基因被甲基化,從而促進或抑制該基因的轉錄。.[34][35][36]此外,在動物生殖細胞內,所活躍的Piwi-interacting RNA(piRNA; 29-30 nt),被認為能預防轉座子,並在配子的發生上,扮演重要角色。[37][38]

許多的原核生物,具有CRISPR RNAs,其作用機制類似於真核生物的RNA干擾。[39]其中反義RNA(Antisense RNAs)是最常見的,大多數能調降基因表現,但也有少部分會活化轉錄進行。[40]反義RNA的作用機制之一,是藉由與mRNA互補配對,來形成雙股RNA,而被酵素降解。[41]此外,在真核細胞內,也許多能調控基因的非編碼RNA[42]一個常見的例子是Xist,它會附在雌性哺乳動物的其中一個X染色體上,造成其去活化[43]

一段mRNA自身可能帶有調控元件,例如riboswitches,在其五端非轉譯區(5' untranslated region)或三端非轉譯區(3' untranslated region),包含有順式作用元件(cis-regulatory elements)能夠調控該mRNA的活性。[44]此外,非編碼區上也有可能帶有,能調控其它基因的調控元件。[45]

修饰其它RNA[编辑]

一種的常見RNA修飾,尿苷(Uridine)被轉換成假尿苷(Pseudouridine)。

許多的RNA會幫助修飾其它RNA。如前信使RNA(pre-mRNA)中的內含子,會被含有許多核小RNA(snRNA)的剪接體剪接[6]或者RNA本身能作為核酶,剪接自己的內含子。[46]

RNA上的核苷酸也可能被修飾,變成非A、U、G、C的核苷酸。在真核細胞中,RNA上核苷酸的修飾,通常是由在細胞核卡哈爾體中發現的,小核仁RNA(snoRNA; 60-300 nt)所主導。[47]snoRNA會連結酵素,並以鹼基對的方式,引導它們去接上RNA,之後酵素便開始RNA核苷酸的修飾。鹼基修飾廣泛發生於rRNAtRNA中,然而snRNAmRNA也有可能是鹼基修飾的目標。[48][49]此外,RNA也可能被甲基化。[50][51]

RNA基因组[编辑]

如同DNA,RNA也可以攜帶遺傳信息。RNA病毒基因組由RNA組成,可以轉譯出多種蛋白質,其中一些負責基因組的複製,而其它的則作為保護構造,在病毒離開宿主細胞後,保護基因組。類病毒是另一種類型的病原體,但它們僅由RNA組成,且該RNA並不會轉譯出任何蛋白質,並利用宿主的聚合酶來複製。[52]

逆转录[编辑]

反轉錄病毒藉由將RNA反轉錄成為DNA,DNA副本再轉錄為RNA的方式,來複製他們的基因組。反轉錄轉座子也利用此方法,來複製DNA與RNA,以完成轉座。[53]此外,真核細胞內的端粒酶,也包含一個作為模板的RNA,利用它來延長染色體端粒。[54]

双链RNA[编辑]

雙鏈RNA(dsRNA)是指具有兩個互補鏈的RNA,與細胞中的DNA結構相似,它也是某些病毒(雙鏈RNA病毒)的遺傳物質。雙鏈RNA如病毒RNA或小干擾RNA(siRNA),可以觸發真核生物RNA干擾,以及脊椎動物干擾素反應。[55][56][57][58]

发现史[编辑]

羅伯特·威廉·霍利(左側)及其研究團隊合影。

與RNA相關的研究,造就了許多生物學的發現,以及諾貝爾獎。而核酸於1868年由弗雷德里希·米歇爾(Friedrich Miescher)發現,當時他將該物質稱作「核素」,因為它是在細胞核中被找到的。[59]但不久後,科學家也在沒有細胞核的原核生物中,也發現了核酸。此外,早在1939年就有人懷疑,RNA在蛋白質合成中所扮演的角色。[60]塞韋羅·奧喬亞(Severo Ochoa de Albornoz)與阿瑟·科恩伯格(Arthur Kornberg),因為在實驗室內發現了,能夠合成RNA的酵素,而獲得1959年的諾貝爾生理學或醫學獎[61]然而,之後的研究顯示,由他們所發現的酵素多核苷酸磷酸化酶(英文),是負責RNA降解,而非RNA合成。

羅伯特·威廉·霍利(Robert W. Holley)於1965年,發現酵母菌裡大小為77個核苷酸的tRNA序列,[62] 並於1968年與哈爾·葛賓·科拉納(Har Gobind Khorana)以及馬歇爾·沃倫·尼倫伯格(Marshall Warren Nirenberg)共同獲得了諾貝爾生理或醫學獎。在1967年,卡爾·烏斯推測RNA可能具有催化能力,並提出建議指出,最早的生命形式(自我複製的分子)可能依賴於RNA,來攜帶遺傳信息和催化生化反應,即RNA世界學說[63][64]

反轉錄病毒反轉錄酶,於1970年代早期被發現的,使人們了解到RNA能被反轉錄為DNA(與中心法則的一般情況,DNA轉錄為RNA相反)。 這項發現,使戴維·巴爾的摩(David Baltimore)、羅納托·杜爾貝科(Renato Dulbecco)與霍華德·馬丁·特明(Howard Temin),共同獲得了1975年的諾貝爾生理學或醫學獎。此外在1976年,瓦爾特·菲爾斯(英文)以及他的團隊,首度確定了RNA病毒完整基因組的鹼基序列(噬菌體MS2)。[65]

在1997年,菲利普·夏普(Philip Sharp)與理察·羅伯茨(Richard Roberts),因為發現哺乳類動物病毒及細胞基因中,具有內含子且會發生RNA剪接,而獲得1993年的諾貝爾生理學或醫學獎。具有催化功能的RNA(核酶)在1980年代早期被發現,而使得托馬斯·切赫(Thomas Cech)與西德尼·奧爾特曼(Sidney Altman),獲得1989年的諾貝爾化學獎。而1990年所發現在碧冬茄屬上,導入基因會靜默植物體自身相似的基因的現象,現今被認為是RNA干擾的結果。[66][67]

且大約在同時,大小約22個核苷酸的RNA(現在被稱為微RNA),被發現在線蟲發育上,扮演重要角色。[68]而於RNA干擾的研究,讓安德魯·法厄(Andrew Fire)與克雷格·梅洛(Craig Mello),獲得了2006年的諾貝爾生理學或醫學獎;而同年的諾貝爾化學獎,得獎原因也與RNA相關(在RNA轉錄上的研究),由羅傑·科恩伯格(Roger Kornberg)獲得。此外調控RNA的發現,促使了RNA藥物的開發,如利用小干擾RNA來靜默目標基因。[69]

参见[编辑]

註釋[编辑]

  1. ^ 通過轉錄後修飾,RNA可能會帶上假尿嘧啶英语Pseudouridine(Ψ)這樣的稀有鹼基

參考文獻[编辑]

  1. ^ David Hames & Nigel Hooper. Instant Notes in Biochemistry (導讀本) 3rd edition. 科学出版社. 2005: 193. ISBN 978-7-03-025218-0. 
  2. ^ 2.0 2.1 查錫良 藥立波. 生物化學與分子生物學 第八版. 人民衛生出版社. 2013. ISBN 978-7-117-17214-1. 
  3. ^ RNA: The Versatile Molecule. University of Utah. 2015. 
  4. ^ Nucleotides and Nucleic Acids (PDF). University of California, Los Angeles. 
  5. ^ R.N. Shukla. Analysis of Chromosomes. ISBN 9789384568177. 
  6. ^ 6.0 6.1 Berg JM, Tymoczko JL, Stryer L. Biochemistry 5th. WH Freeman and Company. 2002: 118–19, 781–808. ISBN 0-7167-4684-0. OCLC 179705944 48055706 59502128. 
  7. ^ I. Tinoco & C. Bustamante. How RNA folds. J. Mol. Biol. 1999, 293 (2): 271–281. doi:10.1006/jmbi.1999.3001. PMID 10550208. 
  8. ^ Higgs PG. RNA secondary structure: physical and computational aspects. Quarterly Reviews of Biophysics. 2000, 33 (3): 199–253. doi:10.1017/S0033583500003620. PMID 11191843. 
  9. ^ Nissen P; Hansen J; Ban N; Moore PB; Steitz TA. The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis. Science. 2000, 289 (5481): 920–30. Bibcode:2000Sci...289..920N. doi:10.1126/science.289.5481.920. PMID 10937990. 
  10. ^ 10.0 10.1 Lee JC; Gutell RR. Diversity of base-pair conformations and their occurrence in rRNA structure and RNA structural motifs. J. Mol. Biol. 2004, 344 (5): 1225–49. doi:10.1016/j.jmb.2004.09.072. PMID 15561141. 
  11. ^ Barciszewski J; Frederic B; Clark C. RNA biochemistry and biotechnology. Springer. 1999: 73–87. ISBN 0-7923-5862-7. OCLC 52403776. 
  12. ^ Salazar M; Fedoroff OY; Miller JM; Ribeiro NS; Reid BR. The DNA strand in DNAoRNA hybrid duplexes is neither B-form nor A-form in solution. Biochemistry. 1992, 32 (16): 4207–15. doi:10.1021/bi00067a007. PMID 7682844. 
  13. ^ Sedova A; Banavali NK. RNA approaches the B-form in stacked single strand dinucleotide contexts. Biopolymers. 2016, 105 (2): 65–82. doi:10.1002/bip.22750. PMID 26443416. 
  14. ^ Hermann T; Patel DJ. RNA bulges as architectural and recognition motifs. Structure. 2000, 8 (3): R47–R54. doi:10.1016/S0969-2126(00)00110-6. PMID 10745015. 
  15. ^ Mikkola S; Stenman E; Nurmi K; Yousefi-Salakdeh E; Strömberg R; Lönnberg H. The mechanism of the metal ion promoted cleavage of RNA phosphodiester bonds involves a general acid catalysis by the metal aquo ion on the departure of the leaving group. Perkin transactions 2. 1999, (8): 1619–26. doi:10.1039/a903691a. 
  16. ^ Jankowski JAZ; Polak JM. Clinical gene analysis and manipulation: Tools, techniques and troubleshooting. Cambridge University Press. 1996: 14. ISBN 0-521-47896-0. OCLC 33838261. 
  17. ^ Yu Q; Morrow CD. Identification of critical elements in the tRNA acceptor stem and TΨC loop necessary for human immunodeficiency virus type 1 infectivity. J Virol. 2001, 75 (10): 4902–6. doi:10.1128/JVI.75.10.4902-4906.2001. PMC 114245. PMID 11312362. 
  18. ^ Elliott MS; Trewyn RW. Inosine biosynthesis in transfer RNA by an enzymatic insertion of hypoxanthine. J. Biol. Chem. 1983, 259 (4): 2407–10. PMID 6365911. 
  19. ^ Cantara, WA; Crain, PF; Rozenski, J; McCloskey, JA; Harris, KA; Zhang, X; Vendeix, FA; Fabris, D; Agris, PF. The RNA Modification Database, RNAMDB: 2011 update. Nucleic Acids Research. January 2011, 39 (Database issue): D195–201. doi:10.1093/nar/gkq1028. PMC 3013656. PMID 21071406. 
  20. ^ Söll D; RajBhandary U. TRNA: Structure, biosynthesis, and function. ASM Press. 1995: 165. ISBN 1-55581-073-X. OCLC 183036381. 
  21. ^ Kiss T. Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs. The EMBO Journal. 2001, 20 (14): 3617–22. doi:10.1093/emboj/20.14.3617. PMC 125535. PMID 11447102. 
  22. ^ King TH; Liu B; McCully RR; Fournier MJ. Ribosome structure and activity are altered in cells lacking snoRNPs that form pseudouridines in the peptidyl transferase center. Molecular Cell. 2002, 11 (2): 425–35. doi:10.1016/S1097-2765(03)00040-6. PMID 12620230. 
  23. ^ Mathews DH; Disney MD; Childs JL; Schroeder SJ; Zuker M; Turner DH. Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004, 101 (19): 7287–92. Bibcode:2004PNAS..101.7287M. doi:10.1073/pnas.0401799101. PMC 409911. PMID 15123812. 
  24. ^ Tan ZJ; Chen SJ. Salt dependence of nucleic acid hairpin stability. Biophys. J. 2008, 95 (2): 738–52. Bibcode:2008BpJ....95..738T. doi:10.1529/biophysj.108.131524. PMC 2440479. PMID 18424500. 
  25. ^ Vater A; Klussmann S. Turning mirror-image oligonucleotides into drugs: the evolution of Spiegelmer therapeutics. Drug Discovery Today. January 2015, 20 (1): 147–155. doi:10.1016/j.drudis.2014.09.004. PMID 25236655. 
  26. ^ Nudler E; Gottesman ME. Transcription termination and anti-termination in E. coli. Genes to Cells. 2002, 7 (8): 755–68. doi:10.1046/j.1365-2443.2002.00563.x. PMID 12167155. 
  27. ^ 27.0 27.1 Jocelyn E.KREBS; 等. Gene XI. JONES&BARTLETT LEARNING(高等教育出版社出版). 2014. ISBN 978-7-04-039649-2. 
  28. ^ Jeffrey L Hansen; Alexander M Long; Steve C Schultz. Structure of the RNA-dependent RNA polymerase of poliovirus. Structure. 1997, 5 (8): 1109–22. doi:10.1016/S0969-2126(97)00261-X. PMID 9309225. 
  29. ^ Ahlquist P. RNA-Dependent RNA Polymerases, Viruses, and RNA Silencing. Science. 2002, 296 (5571): 1270–73. Bibcode:2002Sci...296.1270A. doi:10.1126/science.1069132. PMID 12016304. 
  30. ^ Wu L, Belasco JG. Let me count the ways: mechanisms of gene regulation by miRNAs and siRNAs. Mol. Cell. January 2008, 29 (1): 1–7. doi:10.1016/j.molcel.2007.12.010. PMID 18206964. 
  31. ^ Matzke MA, Matzke AJM. Planting the seeds of a new paradigm. PLoS Biology. 2004, 2 (5): e133. doi:10.1371/journal.pbio.0020133. PMC 406394. PMID 15138502. 
  32. ^ Vazquez F, Vaucheret H, Rajagopalan R, Lepers C, Gasciolli V, Mallory AC, Hilbert J, Bartel DP, Crété P. Endogenous trans-acting siRNAs regulate the accumulation of Arabidopsis mRNAs. Molecular Cell. 2004, 16 (1): 69–79. doi:10.1016/j.molcel.2004.09.028. PMID 15469823. 
  33. ^ Watanabe T, Totoki Y, Toyoda A; 等. Endogenous siRNAs from naturally formed dsRNAs regulate transcripts in mouse oocytes. Nature. May 2008, 453 (7194): 539–43. Bibcode:2008Natur.453..539W. doi:10.1038/nature06908. PMID 18404146. 
  34. ^ Sontheimer EJ, Carthew RW. Silence from within: endogenous siRNAs and miRNAs. Cell. July 2005, 122 (1): 9–12. doi:10.1016/j.cell.2005.06.030. PMID 16009127. 
  35. ^ Doran G. RNAi – Is one suffix sufficient?. Journal of RNAi and Gene Silencing. 2007, 3 (1): 217–19. 
  36. ^ Pushparaj PN, Aarthi JJ, Kumar SD, Manikandan J. RNAi and RNAa — The Yin and Yang of RNAome. Bioinformation. 2008, 2 (6): 235–7. doi:10.6026/97320630002235. PMC 2258431. PMID 18317570. 
  37. ^ Horwich MD, Li C Matranga C, Vagin V, Farley G, Wang P, Zamore PD. The Drosophila RNA methyltransferase, DmHen1, modifies germline piRNAs and single-stranded siRNAs in RISC. Current Biology. 2007, 17 (14): 1265–72. doi:10.1016/j.cub.2007.06.030. PMID 17604629. 
  38. ^ Girard A, Sachidanandam R, Hannon GJ, Carmell MA. A germline-specific class of small RNAs binds mammalian Piwi proteins. Nature. 2006, 442 (7099): 199–202. Bibcode:2006Natur.442..199G. doi:10.1038/nature04917. PMID 16751776. 
  39. ^ Horvath P, Barrangou R. CRISPR/Cas, the Immune System of Bacteria and Archaea. Science. 2010, 327 (5962): 167–70. Bibcode:2010Sci...327..167H. doi:10.1126/science.1179555. PMID 20056882. 
  40. ^ Wagner EG, Altuvia S, Romby P. Antisense RNAs in bacteria and their genetic elements. Adv Genet. Advances in Genetics. 2002, 46: 361–98. doi:10.1016/S0065-2660(02)46013-0. ISBN 9780120176465. PMID 11931231. 
  41. ^ Gilbert SF. Developmental Biology 7th. Sinauer. 2003: 101–3. ISBN 0-87893-258-5. OCLC 154656422 154663147 174530692 177000492 177316159 51544170 54743254 59197768 61404850 66754122. 
  42. ^ Amaral PP, Mattick JS. Noncoding RNA in development. Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society. October 2008, 19 (7–8): 454–92. doi:10.1007/s00335-008-9136-7. PMID 18839252. 
  43. ^ Heard E, Mongelard F, Arnaud D, Chureau C, Vourc'h C, Avner P. Human XIST yeast artificial chromosome transgenes show partial X inactivation center function in mouse embryonic stem cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999, 96 (12): 6841–46. Bibcode:1999PNAS...96.6841H. doi:10.1073/pnas.96.12.6841. PMC 22003. PMID 10359800. 
  44. ^ Batey RT. Structures of regulatory elements in mRNAs. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16 (3): 299–306. doi:10.1016/j.sbi.2006.05.001. PMID 16707260. 
  45. ^ Scotto L, Assoian RK. A GC-rich domain with bifunctional effects on mRNA and protein levels: implications for control of transforming growth factor beta 1 expression. Mol. Cell. Biol. June 1993, 13 (6): 3588–97. PMC 359828. PMID 8497272. 
  46. ^ Steitz TA, Steitz JA. A general two-metal-ion mechanism for catalytic RNA. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90 (14): 6498–502. Bibcode:1993PNAS...90.6498S. doi:10.1073/pnas.90.14.6498. PMC 46959. PMID 8341661. 
  47. ^ Wirta W. Mining the transcriptome – methods and applications. Stockholm: School of Biotechnology, Royal Institute of Technology. 2006. ISBN 91-7178-436-5. OCLC 185406288. 
  48. ^ Xie J, Zhang M, Zhou T, Hua X, Tang L, Wu W. Sno/scaRNAbase: a curated database for small nucleolar RNAs and cajal body-specific RNAs. Nucleic Acids Res. 2007, 35 (Database issue): D183–7. doi:10.1093/nar/gkl873. PMC 1669756. PMID 17099227. 
  49. ^ Omer AD, Ziesche S, Decatur WA, Fournier MJ, Dennis PP. RNA-modifying machines in archaea. Molecular Microbiology. 2003, 48 (3): 617–29. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03483.x. PMID 12694609. 
  50. ^ Cavaillé J, Nicoloso M, Bachellerie JP. Targeted ribose methylation of RNA in vivo directed by tailored antisense RNA guides. Nature. 1996, 383 (6602): 732–5. Bibcode:1996Natur.383..732C. doi:10.1038/383732a0. PMID 8878486. 
  51. ^ Kiss-László Z, Henry Y, Bachellerie JP, Caizergues-Ferrer M, Kiss T. Site-specific ribose methylation of preribosomal RNA: a novel function for small nucleolar RNAs. Cell. 1996, 85 (7): 1077–88. doi:10.1016/S0092-8674(00)81308-2. PMID 8674114. 
  52. ^ Daròs JA, Elena SF, Flores R. Viroids: an Ariadne's thread into the RNA labyrinth. EMBO Rep. 2006, 7 (6): 593–8. doi:10.1038/sj.embor.7400706. PMC 1479586. PMID 16741503. 
  53. ^ Kalendar R, Vicient CM, Peleg O, Anamthawat-Jonsson K, Bolshoy A, Schulman AH. Large retrotransposon derivatives: abundant, conserved but nonautonomous retroelements of barley and related genomes. Genetics. 2004, 166 (3): 1437–50. doi:10.1534/genetics.166.3.1437. PMC 1470764. PMID 15082561. 
  54. ^ Podlevsky JD, Bley CJ, Omana RV, Qi X, Chen JJ. The telomerase database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D339–43. doi:10.1093/nar/gkm700. PMC 2238860. PMID 18073191. 
  55. ^ Blevins T; Rajeswaran, R.; Shivaprasad, P. V.; Beknazariants, D.; Si-Ammour, A.; Park, H.-S.; Vazquez, F.; Robertson, D.; Meins, F.; 等. Four plant Dicers mediate viral small RNA biogenesis and DNA virus induced silencing. Nucleic Acids Res. 2006, 34 (21): 6233–46. doi:10.1093/nar/gkl886. PMC 1669714. PMID 17090584. 
  56. ^ Jana S, Chakraborty C, Nandi S, Deb JK. RNA interference: potential therapeutic targets. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2004, 65 (6): 649–57. doi:10.1007/s00253-004-1732-1. PMID 15372214. 
  57. ^ Schultz U, Kaspers B, Staeheli P. The interferon system of non-mammalian vertebrates. Dev. Comp. Immunol. 2004, 28 (5): 499–508. doi:10.1016/j.dci.2003.09.009. PMID 15062646. 
  58. ^ Whitehead, K. A.; Dahlman, J. E.; Langer, R. S.; Anderson, D. G. Silencing or Stimulation? SiRNA Delivery and the Immune System. Annual Review of Chemical and Biomolecular Engineering. 2011, 2: 77–96. doi:10.1146/annurev-chembioeng-061010-114133. PMID 22432611. 
  59. ^ Dahm R. Friedrich Miescher and the discovery of DNA. Developmental Biology. 2005, 278 (2): 274–88. doi:10.1016/j.ydbio.2004.11.028. PMID 15680349. 
  60. ^ Caspersson T, Schultz J. Pentose nucleotides in the cytoplasm of growing tissues. Nature. 1939, 143 (3623): 602–3. Bibcode:1939Natur.143..602C. doi:10.1038/143602c0. 
  61. ^ Ochoa S. Enzymatic synthesis of ribonucleic acid (PDF). Nobel Lecture. 1959. 
  62. ^ Holley RW; Apgar, J.; Everett, G. A.; Madison, J. T.; Marquisee, M.; Merrill, S. H.; Penswick, J. R.; Zamir, A.; 等. Structure of a ribonucleic acid. Science. 1965, 147 (3664): 1462–65. Bibcode:1965Sci...147.1462H. doi:10.1126/science.147.3664.1462. PMID 14263761. 
  63. ^ Siebert S. Common sequence structure properties and stable regions in RNA secondary structures (PDF). Dissertation, Albert-Ludwigs-Universität, Freiburg im Breisgau: 1. 2006. [失效連結]
  64. ^ Szathmáry E. The origin of the genetic code: amino acids as cofactors in an RNA world. Trends Genet. 1999, 15 (6): 223–9. doi:10.1016/S0168-9525(99)01730-8. PMID 10354582. 
  65. ^ Fiers W; Ysebaert, R.; Duerinck, F.; Haegeman, G.; Iserentant, D.; Merregaert, J.; Min Jou, W.; Molemans, F.; Raeymaekers, A.; 等. Complete nucleotide-sequence of bacteriophage MS2-RNA: primary and secondary structure of replicase gene. Nature. 1976, 260 (5551): 500–7. Bibcode:1976Natur.260..500F. doi:10.1038/260500a0. PMID 1264203. 
  66. ^ Napoli C, Lemieux C, Jorgensen R. Introduction of a chimeric chalcone synthase gene into petunia results in reversible co-suppression of homologous genes in trans. Plant Cell. 1990, 2 (4): 279–89. doi:10.1105/tpc.2.4.279. PMC 159885. PMID 12354959. 
  67. ^ Dafny-Yelin M, Chung SM, Frankman EL, Tzfira T. pSAT RNA interference vectors: a modular series for multiple gene down-regulation in plants. Plant Physiol. December 2007, 145 (4): 1272–81. doi:10.1104/pp.107.106062. PMC 2151715. PMID 17766396. 
  68. ^ Ruvkun G. Glimpses of a tiny RNA world. Science. 2001, 294 (5543): 797–99. doi:10.1126/science.1066315. PMID 11679654. 
  69. ^ Fichou Y, Férec C. The potential of oligonucleotides for therapeutic applications. Trends in Biotechnology. 2006, 24 (12): 563–70. doi:10.1016/j.tibtech.2006.10.003. PMID 17045686. 

外部链接[编辑]