系統發生樹

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File:生命系统发生树.svg细菌古菌真核生物产水菌属热袍菌属噬胞菌属拟杆菌属浮霉菌属蓝菌门变形菌门螺旋菌革兰氏阳性菌绿丝状菌热网菌属热变形菌属热球菌属甲烷球菌属甲烷杆菌属甲烷八叠球菌属适盐菌属内变形虫属黏液菌动物真菌植物纤毛虫鞭毛虫毛滴虫目微孢子虫门双滴虫目
利用16S 核糖體RNA繪製的系統演化樹,三個最大分支()分別爲細菌域古菌域真核生物域
自動生成的生命樹,基於完全測序的基因組。[1][2]

系統發生樹英语:phylogenetic tree)又稱演化樹进化树evolutionary tree),是表明被認爲具有共同祖先的各物種演化關係的樹状图。是一種親緣分支分類方法cladogram)。在图中,每個節點代表其各分支的最近共同祖先,而節點间的綫段長度對應演化距離(如估計的演化時間)。

樹的種類[编辑]

系統發生樹

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肌球蛋白的無根樹

樹可分爲有根樹無根樹兩類。有根樹是具有方向的,包含唯一的節點,將其作爲樹中所有物種的最近共同祖先。右圖即是一個有根樹,表示了三域系統(Woese 1998)。最常用的確定樹根的方法是使用一個或多個無可爭議的同源物種作爲外群(英文outgroup),這個外群要足夠近,以提供足夠的信息,但又不能太近以至于和樹中的種類相混。

把有根樹去掉根即成爲無根樹。一棵無根樹在沒有其他信息(外群)或假設(如假設最大枝長爲根)時不能確定其樹根。無根樹是沒有方向的,其中線段的兩個演化方向都有可能。

樹的算法[编辑]

矩陣法[编辑]

近鄰結合法 neighbor-joining (NJ)

簡約法[编辑]

最大簡約法 maximum parsimony (MP)

最大似然法[编辑]

最大似然估计 maximum likelihood (ML)

后驗概率法[编辑]

貝葉斯法 Bayesian

相關軟件[编辑]

Phylip[编辑]

官方網站:http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html (英文)

ARB[编辑]

官方網站:http://www.arb-home.de/ (英文)

MrBayes[编辑]

官方網站:http://mrbayes.csit.fsu.edu/index.php (英文)

BAMBE[编辑]

http://www.mathcs.duq.edu/larget/bambe.html (英文)

軟件[编辑]

軟件列表

参考文献[编辑]

  1. ^ Letunic, I; Bork, P. Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation.. Bioinformatics (Pubmed). 2007, 23 (1): 127–8. PMID 17050570. doi:10.1093/bioinformatics/btl529. 
  2. ^ Ciccarelli, FD; Doerks, T; Von Mering, C; Creevey, CJ; Snel, B; Bork, P. Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science (Pubmed). 2006, 311 (5765): 1283–7. Bibcode:2006Sci...311.1283C. PMID 16513982. doi:10.1126/science.1123061. 

外部連結[编辑]

參見[编辑]

David Hillis英语David Hillis' Hillis Plot (image)