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飄帶圖

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肌紅蛋白結合血基質與氧氣(紅色圓球)的飄帶圖 (PDB: 1MBO​)

飄帶圖(英語:ribbon diagram),又被稱作理查森圖Richardson diagram),用來表示蛋白質構造的三維模型。 用3D形式的彩帶顯示蛋白質主鏈的整體路徑和架構,並作為可視框架, 在其上鑲嵌原子結構的細節, 例如右圖中結合活性肌紅蛋白與氧原子球飄帶圖。 在這種圖中其中α螺旋被畫成盤繞的帶或粗管,β摺疊顯示為箭頭, 而線或細管顯示為非重複的線圈或環。 多肽鏈的方向由箭頭局部顯示, 一些不同的多肽骨架可以通過彩條帶的顏色變化表示。[1]

歷史

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現在一般相信第一個有系統性的畫出飄帶圖的是珍·S·理察森,她在1980年以手畫出第一張飄帶圖的磷酸丙糖異構酶,並發表在期刊 Advances in Protein Chemistry, 不過她的繪圖有受到一些之前蛋白質的繪圖的影響。

理查森手繪的磷酸丙糖異構酶飄帶圖 (PDB: 1TIM​)

軟體與資料庫

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現在有一些軟體如Molscript[2]PyMol[3]可以協助建立蛋白質的飄帶圖。

參考文獻

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  1. ^ Ribbon_diagram. www.chemeurope.com. [2025-05-07]. 
  2. ^ MolScript v2.1: Documentation. pekrau.github.io. [2025-05-07]. 
  3. ^ PyMOL. www.chemeurope.com. [2025-05-07].