Rm1病毒

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Rm1病毒
病毒分類 编辑
（未分级）： 病毒 Virus
域： 核糖病毒域 Riboviria
界： 正核糖病毒界 Orthornavirae
门： 小核糖病毒门 Pisuviricota
纲： 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目： 套式病毒目 Nidovirales
科： 冠状病毒科 Coronaviridae
属： 乙型冠狀病毒屬 Betacoronavirus
亚属： SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种：
Rm1病毒 SARSr-CoV
毒株：
Rm1病毒 Rm1

蝙蝠冠狀病毒Rm1（Bat SARS CoV Rm1/2004）是嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV）的一個病毒株，為SARS-CoV相關病毒，在中國湖北的大耳菊頭蝠樣本中發現，於2005年發表。

發現[编辑]

2004年3月至11月，研究人員在中國廣東、天津、廣西與湖北四省市採集蝙蝠樣本，在湖北宜昌皮氏菊頭蝠的糞便樣本中發現SARS相關病毒，即Rm1病毒，於2005年和Rf1病毒與Rp3病毒一起發表[1]。

基因組[编辑]

Rm1病毒的基因組長29749nt[2]，序列與SARS-CoV的相似度為88.2%[3]，其ORF8和人類以外的大多數SARSr-CoV一樣有一段長29nt的插入序列，為一完整的開放閱讀框，人類的ORF8則因缺少此序列而被分成8a與8b兩個較小的開放閱讀框。Rm1的ORF8（121個胺基酸）比人類SARS病毒ORF8輔助蛋白（121個胺基酸）少一個胺基酸，且兩者胺基酸序列相似度僅35%[1]。另外Rm1與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域（receptor binding domain, RBD）有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失（但不見於WIV1病毒與SHC014病毒）[4]。

參考文獻[编辑]

  1. ^ 1.0 1.1 Li, W. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005, 310 (5748): 676–679. ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391. 
  2. ^ Bat SARS coronavirus Rm1, complete genome. NCBI. [2021-01-28]. （原始内容存档于2021-04-13）. 
  3. ^ Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa; Shi, Zheng-Li; Perlman, S. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016, 90 (6): 3253–3256. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.02582-15. 
  4. ^ Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; et al. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015, 89 (20): 10532–10547. ISSN 0022-538X. doi:10.1128/JVI.01048-15. 
 
甲型冠狀病毒屬
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其他
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人類病毒
變異株
需要关注的变异株（英语：SARS-CoV-2 variant of concern）（VOC）
Omicron（B.1.1.529）
子谱系：BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.2.10.1、BA.2.12、BA.2.12.1、BA.2.75、BA.2.75.2、BA.2.86、BA.3、BA.4、BA.5、BA.5.2.1、BF.7、BQ.1、BQ.1.1、CH.1.1、EG.5、EG.5.1、JN.1、XBB、XBB.1、XBB.1.5、XBB.1.9.2、XBB.1.16、XBF、XE（西班牙语：Variante XE del SARS-CoV-2）
原需要关注的变异株
Alpha（B.1.1.7）（带E484K版本）（書面挪威語：Lineage B.1.1.7 with E484K） · Beta（B.1.351） · Gamma（P.1） · Delta（B.1.617.2）
原需要留意的变异株（阿拉伯语：متحور مثير للاهتمام）（VOI）
及监视下的变异株（阿拉伯语：متحور قيد المراقبة）（VUM）
Zeta（英语：SARS-CoV-2 Zeta variant）（P.2） · Theta（英语：SARS-CoV-2 Theta variant）（P.3） · Epsilon（英语：SARS-CoV-2 Epsilon variant）（B.1.427、B.1.429（書面挪威語：Lineage B.1.429）、CAL.20C） · Kappa（B.1.617.1） · Iota（英语：SARS-CoV-2 Iota variant）（B.1.526） · Eta（英语：SARS-CoV-2 Eta variant）（B.1.525） · Lambda（C.37） · Mu（B.1.621）
曾監視的變異株（FMV）
AV.1 · AT.1 · R.1（西班牙语：Variante R.1 del SARS-CoV-2） · B.1.466.2 · B.1.1.519 · C.36.3 · B.1.214.2 · B.1.1.523（西班牙语：B.1.1.523） · B.1.619 · B.1.620（書面挪威語：Lineage B.1.620） · B.1.1.318（書面挪威語：Lineage B.1.1.318）/AZ.5 · C.1.2（他加禄语：SARS-CoV-2 Lineage C.1.2） · B.1.630 · B.1.640 · XD
其他变种
B.1.1.207（書面挪威語：Lineage B.1.1.207） · B.1.1.317 · B.1.616（書面挪威語：Den bretonske koronavarianten） · B.1.618（書面挪威語：Lineage B.1.618） · B.1.640.2（德语：B.1.640.2） · Deltacron（書面挪威語：«Deltacron»） · XF · Cluster 5（英语：Cluster 5）（已消亡）
错义突变
del 69-70 · RSYLTPGD246-253N · N440K · G446V · L452R（書面挪威語：Mutasjon L452R） · Y453F · S477G/N · E484Q（書面挪威語：Mutasjon E484Q） · E484K（書面挪威語：Mutasjon E484K） · F490S · N501Y（書面挪威語：Mutasjon N501Y） · N501S · D614G（書面挪威語：Mutasjon D614G） · Q677P/H · P681H（書面挪威語：Mutasjon P681H） · P681R（書面挪威語：Mutasjon P681R） · A701V（書面挪威語：Mutasjon A701B og mutasjon A701V）
蝙蝠病毒
RaTG13 · RmYN02 · RacCS203（英语：RacCS203） · RshSTT182 · RshSTT200 · ZC45 · ZXC21 · Rc-o319
其他
穿山甲冠狀病毒（GD · GX · Pangolin-CoV-2020）
其他
相關病毒
Ghana348相關 · HKU9 · BtKY18樣 · BtHp-BetaCoV/ZJ2013
分類單元識別碼
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