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XY性別決定系統是一種普遍存在的性別決定系統。人類、多數哺乳類、部分昆蟲(果蠅屬)、部分的蛇、部分植物(銀杏)都是使用此系統。在此系統中,一個個體的性別是由一對性染色體決定的。 雌性生物擁有兩個相同的性染色體(XX),被稱為「同染色體性別」。雄性生物擁有兩個不同的性染色體(XY),被稱為「異染色體性別」。它們當中的例外有XX雄性(英语:XX_male_syndrome)與XY雌性(英语:XY_Female_syndrome)。