细菌分类表

本表以LPSN网站的分类为基础（当前版本2008年1月7日），本分类代表原核生物分类的权威杂志IJSEM （页面存档备份，存于互联网档案馆）的分类系统，同时参考NCBI Taxonomy （页面存档备份，存于互联网档案馆），但目前其它中文维基分类表可能依照其它标准，请注意其区别。

中文名称采用惯例（包括网上搜索途径）以及拉丁名直接意译，部分参考《细菌名称》第二版，拉丁文意译参考原核生物名称(英文)网站。翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。

本表列到属级。 后面带*者为尚未被IJSEM杂志确认的分类。

参见：细菌。

酸杆菌门(Acidobacteria)

酸杆菌纲(Acidobacteria)

1. 酸杆菌目(Acidobacteriales)
   1. 酸杆菌科(Acidobacteriaceae)
      1. 酸杆菌属(Acidobacterium)
      2. 土壤杆菌属(Edaphobacter)
      3. (Terriglobus)

全噬菌纲(Holophagae)

1. 石鳖杆菌目(Acanthopleuribacterales)
   1. 石鳖杆菌科(Acanthopleuribacteraceae)
      1. 石鳖杆菌属(Acanthopleuribacter)
2. 全噬菌目(Holophagales)
   1. 全噬菌科(Holophagaceae)
      1. 地发菌属(Geothrix)
      2. 全噬菌属(Holophaga)

放线菌门(Actinobacteria)（高G+C革兰氏阳性菌）

放线菌纲(Actinobacteria)

1. 酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)
   1. 酸微菌目(Acidimicrobiales)
      1. 酸微菌亚目(Acidimicrobineae)
         1. 酸微菌科(Acidimicrobiaceae)
            1. 酸微菌属(Acidimicrobium)
         2. (Iamiaceae)
            1. (Iamia)
2. 放线菌亚纲(Actinobacteridae)
   1. 放线菌目(Actinomycetales)
      1. 放线菌亚目(Actinomycineae)
         1. 放线菌科(Actinomycetaceae)
            1. 放线棒菌属(Actinobaculum)
            2. 放线菌属(Actinomyces)
            3. 隐秘杆菌属(Arcanobacterium)
            4. 镰弧菌属(Falcivibrio)
            5. 动弯杆菌属(Mobiluncus)
            6. (Varibaculum)
      2. (Actinopolysporineae)
         1. (Actinopolysporaceae)
            1. (Actinopolyspora)
      3. (Catenulisporineae)
         1. (Actinospicaceae)
            1. (Actinospica)
         2. (Catenulisporaceae)
            1. (Catenulispora)
      4. 棒杆菌亚目(Corynebacterineae)
         1. 棒杆菌科(Corynebacteriaceae)
            1. (Bacterionema)
            2. (Caseobacter)
            3. 棒杆菌属(Corynebacterium)
            4. (Turicella)
         2. 迪茨氏菌科(Dietziaceae)
            1. 迪茨氏菌属(Dietzia)
         3. 分枝杆菌科(Mycobacteriaceae)
            1. 分枝杆菌属(Mycobacterium) （含结核杆菌）
         4. 诺卡氏菌科(Nocardiaceae)
            1. 戈登氏菌属(Gordonia)
            2. (Micropolyspora)
            3. (Millisia)
            4. 诺卡氏菌属(Nocardia)
            5. 红球菌属(Rhodococcus)
            6. 斯科曼氏菌属(Skermania)
            7. (Williamsia)
            8. (Smaragdicoccus)
         5. (Segniliparaceae)
            1. (Segniliparus)
         6. 束村氏菌科(Tsukamurellaceae)
            1. 束村氏菌属(Tsukamurella)
      5. 弗兰克氏菌亚目(Frankineae)
         1. 酸热菌科(Acidothermaceae)
            1. 酸热菌属(Acidothermus)
         2. 弗兰克氏菌科(Frankiaceae)
            1. 弗兰克氏菌属(Frankia)
         3. 地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)
            1. 芽球菌属(Blastococcus)
            2. 地嗜皮菌属(Geodermatophilus)
            3. (Modestobacter)
         4. (Kineosporiaceae)
            1. (Cryptosporangium)
            2. (Kineococcus)
            3. (Kineosporia)
         5. (Nakamurellaceae)
            1. (Humicoccus)
            2. (Nakamurella)
            3. (Quadrisphaera)
         6. 孢鱼菌科(Sporichthyaceae)
            1. 孢鱼菌属(Sporichthya)
      6. 糖霉菌亚目(Glycomycineae)
         1. 糖霉菌科(Glycomycetaceae)
            1. 糖霉菌属(Glycomyces)
            2. (Stackerbrandtia)
      7. 微球菌亚目(Micrococcineae)
         1. 获山氏菌科(Beutenbergiaceae)
            1. 获山氏菌属(Beutenbergia)
            2. 乔治菌属(Georgenia)
            3. 萨勒河菌属(Salana)
         2. 博戈里亚湖菌科(Bogoriellaceae)
            1. 博戈里亚湖菌属(Bogoriella)
         3. 短杆菌科(Brevibacteriaceae)
            1. 短杆菌属(Brevibacterium)
         4. 纤维素单胞菌科(Cellulomonadaceae)
            1. 纤维素单胞菌属(Cellulomonas)
            2. 厄氏菌属(Oerskovia)
            3. (Tropheryma)
         5. (Dermabacteraceae)
            1. (Brachybacterium)
            2. (Dermabacter)
         6. (Dermacoccaceae)
            1. (Demetria)
            2. (Dermacoccus)
            3. (Kytococcus)
         7. (Dermatophilaceae)
            1. (Dermatophilus)
            2. (Kineosphaera)
         8. (Intrasporangiaceae)
            1. (Arsenicicoccus)
            2. (Humihabitans)
            3. (Intrasporangium)
            4. (Janibacter)
            5. (Knoellia)
            6. (Kribbia)
            7. (Lapillicoccus)
            8. (Ornithinicoccus)
            9. (Ornithinimicrobium)
            10. (Oryzihumus)
            11. (Serinicoccus)
            12. (Terrabacter)
            13. (Terracoccus)
            14. (Tetrasphaera)
         9. (Jonesiaceae)
            1. (Jonesia)
         10. (Microbacteriaceae)
             1. (Agreia)
             2. (Agrococcus)
             3. (Agromyces)
             4. (Aureobacterium)
             5. (Clavibacter)
             6. (Cryobacterium)
             7. (Curtobacterium)
             8. (Frigoribacterium)
             9. (Frondicola)
             10. (Gulosibacter)
             11. (Labedella)
             12. (Leifsonia)
             13. (Leucobacter)
             14. (Microbacterium)
             15. (Microcella)
             16. (Mycetocola)
             17. (Okibacterium)
             18. (Plantibacter)
             19. (Pseudoclavibacter)
             20. (Rathayibacter)
             21. (Rhodoglobus)
             22. (Salinibacterium)
             23. (Subtercola)
             24. (Yonghaparkia)
             25. (Zimmermannella)
         11. 微球菌科(Micrococcaceae)
             1. (Acaricomes)
             2. 节杆菌属(Arthrobacter)
             3. (Citricoccus)
             4. (Kocuria)
             5. 微球菌属(Micrococcus)
             6. (Nesterenkonia)
             7. (Renibacterium)
             8. 罗氏菌属(Rothia)
             9. 口腔球菌属(Stomatococcus)
             10. 刘志恒菌属(Zhihengliuella)
         12. (Promicromonosporaceae)
             1. (Cellulosimicrobium)
             2. (Isoptericola)
             3. (Myceligenerans)
             4. (Promicromonospora)
             5. (Xylanibacterium)
             6. (Xylanimonas)
         13. (Rarobacteraceae)
             1. (Rarobacter)
         14. (Sanguibacteraceae)
             1. 血杆菌属(Sanguibacter)
         15. (Yaniaceae)
             1. (Yania)
         16. 科未定
             1. (Actinotalea)
             2. (Demequina)
             3. (Phycicoccus)
             4. (Ruania)
      8. 微单孢菌亚目(Micromonosporineae)
         1. 微单孢菌科(Micromonosporaceae)
            1. (Actinocatenispora)
            2. (Actinoplanes)
            3. (Amorphosporangium)
            4. (Ampullariella)
            5. (Asanoa)
            6. (Catellatospora)
            7. (Catenuloplanes)
            8. (Couchiolanes)
            9. (Dactylosporangium)
            10. (Krasilnikovia)
            11. (Longispora)
            12. (Luedemannella)
            13. 微单孢菌属(Micromonospora)
            14. (Pilimelia)
            15. (Planopolyspora)
            16. (Polymorphospora)
            17. (Salinispora)
            18. (Spirilliplanes)
            19. (Verrucosispora)
            20. (Virgisporangium)
      9. 丙酸杆菌亚目(Propionibacterineae)
         1. (Nocardioidaceae)
            1. (Actinopolymorpha)
            2. (Aeromicrobium)
            3. (Friedmanniella)
            4. (Hongia)
            5. (Kribbella)
            6. (Marmoricola)
            7. (Micropruina)
            8. (Nocardioides)
            9. (Pimelobacter)
            10. (Propionicicella)
            11. (Propionicimonas)
         2. 丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)
            1. 河口微菌属(Aestuariimicrobium)
            2. (Arachnia)
            3. (Brooklawnia)
            4. (Granulicoccus)
            5. 江氏菌属(Jiangella)
            6. (Luteococcus)
            7. (Microlunatus)
            8. 丙酸杆菌属(Propionibacterium)
            9. (Propioniferax)
            10. (Propionimicrobium)
            11. (Tessaracocccus)
      10. (Pseudonocardineae)
          1. (Actinosynnemataceae)
             1. (Actinokineospora)
             2. (Actinosynnema)
             3. (Lechevalieria)
             4. (Lentzea)
             5. (Saccharothrix)
             6. (Umezawaea)
          2. (Pseudonocardiaceae)
             1. (Actinoalloteichus)
             2. (Actinobispora)
             3. (Amycolata)
             4. (Amycolatopsis)
             5. (Crossiella)
             6. (Faenia)
             7. (Goodfellowia)
             8. (Kibdelosporangium)
             9. (Kutzneria)
             10. (Prauserella)
             11. (Pseudoamycolata)
             12. (Pseudonocardia)
             13. (Saccharomonospora)
             14. (Saccharopolyspora)
             15. (Streptoalloteichus)
             16. (Thermobispora)
             17. (Thermocrispum)
      11. 链霉菌亚目(Streptomycineae)
          1. 链霉菌科(Sterptomycetaceae)
             1. (Actinopycnidium)
             2. (Actinosporangium)
             3. (Chainia)
             4. (Elytrosporangium)
             5. 北里菌属(Kitasatoa)
             6. 北里孢菌属(Kitasatospora)
             7. (Microellobosporia)
             8. (Streptacidiphilus)
             9. 链霉菌属(Streptomyces)
             10. (Streptoverticillium)
      12. (Streptosporangineae)
          1. (Nocardiopsaceae)
             1. (Nocardiopsis)
             2. (Streptomonospora)
             3. (Thermobifida)
          2. (Streptosporangiaceae)
             1. (Acrocarpospora)
             2. (Herbidospora)
             3. (Microbispora)
             4. (Microtetraspora)
             5. (Nonomuraea)
             6. (Planobispora)
             7. (Planomonospora)
             8. (Planotetraspora)
             9. (Sphaerisporangium)
             10. (Streptosporangium)
             11. (Thermopolyspora)
          3. (Thermomonosporaceae)
             1. 珊瑚状放线菌属(Actinocorallia)
             2. (Actinomadura)
             3. (Excellospora)
             4. (Spirillospora)
             5. (Thermomonospora)
   2. 双歧杆菌目(Bifidobacteriales)
      1. 双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)
         1. (Aeriscardovia)
         2. (Alloscardovia)
         3. 双歧杆菌属(Bifidobacterium)
         4. (Gardnerella)
         5. (Metascardovia)
         6. (Parascardovia)
         7. (Scardovia)
      2. 科未定
3. (Coriobacteridae)
   1. (Coriobacteriales)
      1. (Coriobacterineae)
         1. (Coriobacteriaceae)
            1. 奇异菌属(Atopobium)
            2. (Collinsella)
            3. (Coriobacterium)
            4. (Cryptobacterium)
            5. (Denitrobacterium)
            6. (Eggerthella)
            7. (Olsenella)
            8. (Slackia)
4. 红色杆菌亚纲(Rubrobacteridae)
   1. 红色杆菌目(Rubrobacterales)
      1. 红色杆菌亚目(Rubrobacterineae)
         1. (Conexibacteraceae)
            1. (Conexibacter)
         2. (Patulibacteraceae)
            1. (Patulibacter)
         3. 红色杆菌科(Rubrobacteraceae)
            1. 红色杆菌属(Rubrobacter)
         4. (Solirubrobacteraceae)
            1. (Solirubrobacter)
         5. (Thermoleophilaceae)
            1. (Thermoleophilum)
5. 球形杆菌亚纲(Sphaerobacteridae)
   1. 球形杆菌目(Sphaerobacterales)
      1. 球形杆菌亚目(Sphaerobacterineae)
         1. 球形杆菌科(Sphaerobacteraceae)
            1. 球形杆菌属(Sphaerobacter)

产水菌门(Aquificae)

产水菌纲(Aquificae)

1. 产水菌目(Aquificales)
   1. 产水菌科(Aquificaceae)
      1. 产水菌属(Aquifex)
      2. (Calderobacterium)
      3. (Hydrogenivirga)
      4. (Hydrogenobacter)
      5. (Hydrogenobaculum)
      6. (Thermocrinis)
   2. 除硫杆菌科(Desulfurobacteriaceae)
      1. (Balnearium)
      2. 除硫杆菌属(Desulfurobacterium)
      3. 热弧菌属(Thermovibrio)
   3. (Hydrogenothermaceae)
      1. (Hydrogenothermus)
      2. (Persephonella)
      3. (Sulfurihydrogenibium)

拟杆菌门(Bacteroidetes)

拟杆菌纲(Bacteroidetes)

1. 拟杆菌目(Bacteroidales)
   1. 拟杆菌科(Bacteroidaceae)
      1. (Acetomicrobium)
      2. (Anaerophaga)
      3. (Anaerorhabdus)
      4. 拟杆菌属(Bacteroides)
      5. (Pontibacter)
   2. 紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)
      1. (Barnesiella)
      2. (Capsularis)
      3. (Dysgonomonas)
      4. (Hallella)
      5. (Odoribacter)
      6. (Oribaculum)
      7. (Paludibacter)
      8. (Parabacteroides)
      9. 紫单胞菌属(Porphyromonas) （多译作“卟啉单胞菌”，但porphyro-应来源于希腊语“紫色”）
      10. (Proteiniphilum)
      11. (Tannerella)
      12. (Xylanibacter)
   3. 普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)
      1. 普雷沃氏菌属(Prevotella) （或译作“普氏菌”）
   4. 理研菌科(Rikenellaceae)
      1. (Alistipes)
      2. (Alkaliflexus)
      3. (Marinilabilia)
      4. (Petrimonas)
      5. 理研菌属(Rikenella) （注：Riken是日语“理化学研究所”简称）
   5. 科未定
      1. (Acetofilamentum)
      2. (Acetothermus)

黄杆菌纲(Flavobacteria)

1. 黄杆菌目(Flavobacteriales)
   1. 蟑螂杆状体科(Blattabacteriaceae)
      1. 蟑螂杆状体属(Blattabacterium)
   2. (Cryomorphaceae)
      1. (Algoriphagus)
      2. (Brumimicrobium)
      3. (Crocinitomix)
      4. (Cryomorpha)
      5. (Fluviicola)
      6. 李时珍菌属(Lishizhenia)
      7. (Owenweeksia)
   3. 黄杆菌科(Flavobacteriaceae)
      1. (Actibacter)
      2. (Aequorivita)
      3. (Algibacter)
      4. (Aquimarina)
      5. (Arenibacter)
      6. 伯杰菌属(Bergeyella)
      7. (Bizionia)
      8. 碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga) （注：多译作“二氧化碳噬纤维菌属”）
      9. 噬纤维素菌属(Cellulophaga)
      10. 金黄杆菌属(Chryseobacterium)
      11. (Cloacibacterium)
      12. (Coenonia)
      13. (Costertonia)
      14. (Croceibacter)
      15. 独岛菌属(Dokdonia)
      16. 东海菌属(Donghaeana)
      17. (Elizabethkingia)
      18. (Empedobacter)
      19. (Epilithonimonas)
      20. (Flaviramulus)
      21. 黄杆菌属(Flavobacterium)
      22. (Formosa)
      23. 泥滩杆菌属(Gaetbulibacter)
      24. 泥滩微菌属(Gaetbulimicrobium)
      25. (Galbibacter)
      26. (Gelidibacter)
      27. (Gillisia)
      28. (Gilvibacter)
      29. 革兰菌属(Gramella)
      30. (Kaistella)
      31. (Kordia)
      32. (Krokinobacter)
      33. (Lacinutrix)
      34. 列文虎克菌属(Leeuwenhoekiella)
      35. (Lutibacter)
      36. (Maribacter)
      37. (Mariniflexile)
      38. (Marixanthomonas)
      39. (Mesonia)
      40. (Muricauda)
      41. (Myroides)
      42. (Nonlabens)
      43. (Olleya)
      44. (Ornithobacterium)
      45. (Persicivirga)
      46. (Pibocella)
      47. 极地杆菌属(Polaribacter)
      48. 冷弯菌属(Psychroflexus)
      49. (Psychroserpens)
      50. (Riemerella)
      51. (Robiginitalea)
      52. (Salegentibacter)
      53. (Sandarakinotalea)
      54. (Sediminibacter)
      55. (Sediminicola)
      56. 世宗菌属(Sejongia)
      57. (Stanierella)
      58. (Stenothermobacter)
      59. (Subsaxibacter)
      60. (Subsaximicrobium)
      61. (Tamlana)
      62. (Tenacibaculum)
      63. (Ulvibacter)
      64. (Vitellibacter)
      65. (Wautersiella)
      66. (Weeksella)
      67. (Winogradskyella)
      68. 丽水菌属(Yeosuana)
      69. (Zeaxanthinibacter)
      70. 周氏菌属(Zhouia)
      71. (Zobellia)
      72. 王祖农菌属(Zunongwangia)

鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria)

1. 鞘脂杆菌目(Sphingobacteriales)
   1. 泉发菌科(Crenotrichaceae)
      1. (Balneola)
      2. (Chitinophaga)
      3. 泉发菌属(Crenothrix)
      4. (Rhodothermus)
      5. (Salinibacter)
      6. (Terrimonas)
      7. (Toxothrix)
   2. (Flammeovirgaceae)
      1. (Flammeovirga)
      2. (Flexithrix)
      3. (Perexilibacter)
      4. (Persicobacter)
      5. (Rapidithrix)
      6. (Sediminitomix)
      7. (Thermonema)
   3. 屈挠杆菌科(Flexibacteraceae)
      1. (Adhaeribacter)
      2. (Aquiflexum)
      3. (Arcicella)
      4. (Belliella)
      5. (Chimaereicella)
      6. (Cyclobacterium)
      7. 噬胞菌属(Cytophaga) （注：目前多称此属为“噬纤维菌属”，此处依拉丁文）
      8. (Dyadobacter)
      9. (Echinicola)
      10. (Effluviibacter)
      11. (Emticicia)
      12. (Fabibacter)
      13. (Flectobacillus)
      14. 屈挠杆菌属(Flexibacter)
      15. (Hongiella)
      16. (Hymenobacter)
      17. (Larkinella)
      18. (Leadbetterella)
      19. (Marinicola)
      20. (Meniscus)
      21. (Microscilla)
      22. (Niastella)
      23. (Persicitalea)
      24. (Reichenbachiella)
      25. (Rhodonellum)
      26. (Roseivirga)
      27. (Runella)
      28. (Spirosoma)
      29. 生孢噬胞菌属(Sporocytophaga)
   4. 腐螺旋菌科(Saprospiraceae)
      1. (Aureispira)
      2. (Haliscomenobacter)
      3. (Lewinella)
      4. 腐螺旋菌属(Saprospira)
   5. 鞘脂杆菌科(Sphingobacteriaceae)
      1. (Mucilaginibacter)
      2. (Olivibacter)
      3. (Parapedobacter)
      4. (Pedobacter)
      5. (Pseudosphingobacterium)
      6. 鞘脂杆菌属(Sphingobacterium)
   6. 科未定
      1. (Niabella)

纲未定

1. (Flavisolibacter)
2. (Fulvivirga)
3. (Prolixibacter)
4. (Segetibacter)

衣原体门(Chlamydiae)

衣原体纲(Chlamydiae)

1. 衣原体目(Chlamydiales)
   1. 衣原体科(Chlamydiaceae)
      1. 衣原体属(Chlamydia)
      2. 嗜衣体属(Chlamydophila)
   2. 副衣原体科(Parachlamydiaceae)
      1. 新衣原体属(Neochlamydia)
      2. 副衣原体属(Parachlamydia)
   3. 芯卡体科(Simkaniaceae)
      1. 芯卡体属(Simkania) （注：人名缩写简称，此处用音译）
      2. 棍衣原体属(Rhabdochlamydia)*
   4. 华诊体科(Waddliaceae)
      1. 华诊体属(Waddlia) （注：WADDL为“华盛顿动物病诊断实验室”缩写）

绿菌门(Chlorobi)

绿菌纲(Chlorobia)

1. 绿菌目(Chlorobiales)
   1. 绿菌科(Chlorobiaceae)
      1. 臂绿菌属(Ancalochloris)
      2. 绿棒菌属(Chlorobaculum)
      3. 绿菌属(Chlorobium)
      4. 绿爬菌属(Chloroherpeton)
      5. 暗网菌属(Pelodictyon)
      6. 突柄绿菌属(Prosthecochloris)

绿弯菌门(Chloroflexi)

厌氧绳菌纲(Anaerolineae)

1. 厌氧绳菌目(Anaerolineales)
   1. 厌氧绳菌科(Anaerolineaceae)
      1. 厌氧绳菌属(Anaerolinea)
      2. (Bellilinea)
      3. 纤绳菌属(Leptolinea)
      4. (Levilinea)
      5. 长绳菌属(Longilinea)

暖绳菌纲(Caldilineae)

1. 暖绳菌目(Caldilineales)
   1. 暖绳菌科(Caldilineaceae)
      1. 暖绳菌属(Caldilinea)

绿弯菌纲(Chloroflexi)

1. 绿弯菌目(Chloroflexales)
   1. 绿弯菌科(Chloroflexaceae)
      1. 绿弯菌属(Chloroflexus)
      2. 绿线菌属(Chloronema)
      3. 太阳发菌属(Heliothrix)
      4. 玫瑰弯菌属(Roseiflexus)
   2. 颤绿菌科(Oscillochloridaceae)
      1. 颤绿菌属(Oscillochloris)
2. 爬管菌目(Herpetosiphonales)
   1. 爬管菌科(Herpetosiphonaceae)
      1. 爬管菌属(Herpetosiphon)

产金菌门(Chrysiogenetes)

产金菌纲(Chrysiogenetes)

1. 产金菌目(Chrysiogenales)
   1. 产金菌科(Chrysiogenaceae)
      1. 产金菌属(Chrysiogenes)

蓝藻门(Cyanobacteria)

蓝藻纲(Cyanobacteria)

注：目前有三套蓝藻分类系统，分别为NCBI、Bergey's手册及Cavalier-Smith（2002年，仅分至目)。

本文采用的Bergey's手册中蓝藻内的分类，不论目科属，均为形态分类，其中目在手册中为“Subsection”而非“Order”，目、科均未列名称，此处目名称为习惯用法，科不列名称；属除Halospirulina和Trichodesmium之外均标为“形态属”(Form Genus)而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加注"@"。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调，与其它细菌统一为系统发育分类系统。

此外，因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物，包括多枝互不相关的原生生物甚至高等水生植物，此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌。但也可依据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”，但应注意避免与其余细菌重名。

1. 第一目（色球藻目(Chroococcales)）@
   1. 第一科@
      1. 管孢藻属(Chamaesiphon)@
      2. 色球藻属(Chroococcus)@
      3. (Cyanobacterium)@
      4. (Cyanobium)@
      5. (Cyanothece)@
      6. 蓝纤维藻属(Dactylococcopsis)@
      7. (Gloeobacter)@
      8. 黏球藻属(Gloeocapsa)@
      9. 黏杆藻属(Gloeothece)@
      10. 微囊藻属(Microcystis)@
      11. 原绿球藻属(Prochlorococcus)@
      12. 原绿藻属(Prochloron)@
      13. 聚球藻属(Synechococcus)@
      14. 集胞藻属(Synechocystis)@
2. 第二目（宽球藻目(Pleurocapsales)）@
   1. 第一科@
      1. (Cyanocystis)@
      2. (Dermocarpella)@
      3. (Stanieria)@
      4. 异球藻属(Xenococcus)@
   2. 第二科@
      1. 拟色球藻属(Chroococcidiopsis)@
      2. 黏囊藻属(Myxosarcina)@
      3. 宽球藻属(Pleurocapsa)@
3. 第三目（颤藻目(Oscillatoriales)）@
   1. 第一科@
      1. 节螺藻属(Arthrospira)@ （包含商业化螺旋藻）
      2. (Borzia)@
      3. (Crinalium)@
      4. (Geitlerinema)@
      5. 盐螺旋藻属(Halospirulina)
      6. (Leptolyngbya)@
      7. (Limnothrix)@
      8. 鞘丝藻属(Lyngbya)@
      9. 微鞘藻属(Microcoleus)@
      10. 颤藻属(Oscillatoria)@
      11. (Planktothrix)@
      12. 原绿发藻属(Prochlorothrix)@
      13. (Pseudanabaena)@
      14. 螺旋藻属(Spirulina)@
      15. (Starria)@
      16. 束藻属(Symploca)@
      17. 束毛藻属(Trichodesmium)
      18. (Tychonema)@
4. 第四目（念珠藻目(Nostocales)）@：亦作念珠藻目
   1. 第一科@
      1. 鱼腥藻属(Anabaena)@
      2. 项圈藻属(Anabaenopsis)@
      3. 束丝藻属(Aphanizomenon)@
      4. (Cyanospira)@
      5. (Cylindrospermopsis)@
      6. 筒孢藻属(Cylindrospermum)@
      7. 节球藻属(Nodularia)@
      8. 念珠藻属(Nostoc)@：亦作念珠藻属
      9. 伪枝藻属(Scytonema)@
   2. 第二科@
      1. 眉藻属(Calothrix)@
      2. 胶须藻属(Rivularia)@
      3. 单歧藻属(Tolypothrix)@
5. 第五目（真枝藻目(Stigonematales)）@
   1. 第一科@
      1. (Chlorogloeopsis)@
      2. 费氏藻属(Fischerella)@
      3. (Geitleria)@
      4. (Iyengariella)@
      5. 拟念珠藻属(Nostochopsis)@：亦作拟念珠藻属
      6. 真枝藻属(Stigonema)@

脱铁杆菌门(Deferribacteres)

脱铁杆菌纲(Deferribacteres)

1. 脱铁杆菌目(Deferribacterales)
   1. [[脱铁杆菌科(Deferribacteraceae)
      1. 脱铁杆菌属(Deferribacter)
      2. (Denitrovibrio)
      3. (Flexistipes)
      4. 地弧菌属(Geovibrio)
      5. (Mucispirillum)
   2. 科未定
      1. 暖发菌属(Caldithrix)
      2. (Synergistes)

异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)

异常球菌纲(Deinococci)

1. 异常球菌目(Deinococcales)
   1. 异常球菌科(Deinococcaceae)
      1. 异常杆菌属(Deinobacter)
      2. 异常球菌属(Deinococcus)
   2. 特吕珀菌科(Trueperaceae)
      1. 特吕珀菌属(Truepera)
2. 栖热菌目(Thermales)
   1. 栖热菌科(Thermaceae)
      1. 海栖热菌属(Marinithermus)
      2. 亚栖热菌属(Meiothermus)
      3. 海洋栖热菌属(Oceanithermus)
      4. 栖热菌属(Thermus)
      5. 火山栖热菌属(Vulcanithermus)

网团菌门(Dictyoglomi)

网团菌纲(Dictyoglomi)

1. 网团菌目(Dictyoglomales)
   1. 网团菌科(Dictyoglomaceae)
      1. 网团菌属(Dictyoglomus)

纤维杆菌门(Fibrobacteres)

纤维杆菌纲(Fibrobacteres)

1. 纤维杆菌目(Fibrobacterales)
   1. 纤维杆菌科(Fibrobacteraceae)
      1. 纤维杆菌属(Fibrobacter)

厚壁菌门(Firmicutes)（低G+C革兰氏阳性菌）

芽孢杆菌纲(Bacilli)

1. 芽孢杆菌目(Bacillales)
   1. (Alicyclobacillaceae)
      1. (Alicyclobacillus)
      2. (Pasteuria)
      3. (Sulfobacillus)
   2. 芽孢杆菌科(Bacillaceae)
      1. (Alkalibacillus)
      2. (Amphibacillus)
      3. (Anoxybacillus)
      4. 芽孢杆菌属(Bacillus)
      5. (Caldalkalibacillus)
      6. (Cerasibacillus)
      7. (Exiguobacterium)
      8. (Filobacillus)
      9. (Geobacillus)
      10. (Gracilibacillus)
      11. (Halalkalibacillus)
      12. (Halobacillus)
      13. (Haloactibacillus)
      14. (Jeotgalibacillus)
      15. (Lentibacillus)
      16. (Lysinibacillus)
      17. (Marinibacillus)
      18. (Oceanobacillus)
      19. (Ornithinibacillus)
      20. (Paraliobacillus)
      21. (Paucisalibacillus)
      22. (Pelagibacillus)
      23. (Piscibacillus)
      24. (Pontibacillus)
      25. 糖球菌属(Saccharococcus)
      26. (Salibacillus)
      27. (Salimicrobium)
      28. (Salinibacillus)
      29. (Salirhabdus)
      30. (Sasuginibacillus)
      31. (Tenuibacillus)
      32. (Terribacillus)
      33. (Thalassobacillus)
      34. (Ureibacillus)
      35. (Virgibacillus)
      36. (Vulcanibacillus)
   3. (Caryophanaceae)
      1. (Caryophanon)
   4. 李斯特氏菌科(Listeriaceae)
      1. 环丝菌属(Brochothrix)
      2. 李斯特氏菌属(Listeria)
   5. (Paenibacillaceae)
      1. (Ammoniphilus)
      2. (Aneurinibacillus)
      3. (Brevibacillus)
      4. (Cohnella)
      5. (Oxalophagus)
      6. (Paenibacillus)
      7. (Thermicanus)
      8. (Thermobacillus)
   6. (Planococcaceae)
      1. (Filibacter)
      2. (Kurthia)
      3. (Planococcus)
      4. (Planomicrobium)
      5. (Sporosarcina)
   7. 芽孢乳杆菌科(Sporolactobacillaceae)
      1. (Marinococcus)
      2. (Sinococcus)
      3. 芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus)
      4. (Tuberibacillus)
   8. 葡萄球菌科(Staphylococcaceae)
      1. 孪生菌属(Gemella)
      2. (Joetgalicoccus)
      3. (Macrococcus)
      4. (Salinicoccus)
      5. 葡萄球菌属(Staphylococcus)
   9. (Thermoactinomycetaceae)
      1. (Laceyella)
      2. (Mechercharimyces)
      3. (Planifilum)
      4. (Seinonella)
      5. (Shimazuella)
      6. (Thermoactinomyces)
      7. (Thermoflavimicrobium)
   10. (Turicibacteraceae)
       1. (Turicibacter)
   11. 科未定
       1. (Pullulanibacillus)
2. 乳杆菌目(Lactobacillales)
   1. 气球菌科(Aerococcaceae)
      1. (Abiotrophia)
      2. 气球菌属(Aerococcus)
      3. (Dolosicoccus)
      4. (Eremococcus)
      5. (Facklamia)
      6. (Globicatella)
      7. (Ignavigranum)
   2. 肉杆菌科(Carnobacteriaceae)
      1. (Agitococcus)
      2. (Alkalibacterium)
      3. (Allofustis)
      4. (Alloiococcus)
      5. (Atopococcus)
      6. (Atopostipes)
      7. 肉杆菌属(Carnobacterium)
      8. 德库菌属(Desemzia) （DSMZ，德国微生物与细胞保藏中心）
      9. (Dolosigranulum)
      10. (Granulicatella)
      11. (Isobaculum)
      12. (Lactosphaera)
      13. (Marinilactibacillus)
      14. (Trichococcus)
   3. 肠球菌科(Enterococcaceae)
      1. (Atopobacter)
      2. (Catellicoccus)
      3. 肠球菌属(Enterococcus)
      4. (Melissococcus)
      5. (Pilibacter)
      6. (Tetragenococcus)
      7. 漫游球菌属(Vagococcus)
   4. 乳杆菌科(Lactobacillaceae)
      1. 乳杆菌属(Lactobacillus)
      2. (Paralactobacillus)
      3. 片球菌属(Pediococcus)
   5. 明串珠菌科(Leuconostocaceae)
      1. 明串珠菌属(Leuconostoc)
      2. (Oenococcus)
      3. (Weissella)
   6. 颤螺旋菌科(Oscillospiraceae)
      1. 颤杆菌属(Oscillibacter)
      2. 颤螺旋菌属(Oscillospira)
   7. 链球菌科(Streptococcaceae)
      1. 乳球菌属(Lactococcus)
      2. (Lactovum)
      3. 链球菌属(Streptococcus)
   8. 科未定
      1. (Acetoanaerobium)
      2. 互营球菌属(Syntrophococcus)

梭菌纲(Clostridia)

1. 梭菌目(Clostridiales)
   1. 梭菌科(Clostridiaceae)
      1. (Acetanaerobacterium)
      2. (Acetivibrio)
      3. (Acidaminobacter)
      4. (Alkaliphilus)
      5. (Anaerobacter)
      6. (Anaerotruncus)
      7. (Anoxynatronum)
      8. (Bryantella)
      9. (Caloramator)
      10. (Caloranaerobacter)
      11. (Caminicella)
      12. (Clostridiisalibacter)
      13. 梭菌属(Clostridium)
      14. (Coprobacillus)
      15. (Dorea)
      16. (Ethanoligenens)
      17. (Faecalibacterium)
      18. (Fastidiosipila)
      19. (Garciella)
      20. (Gracilibacter)
      21. (Guggenheimella)
      22. (Hespellia)
      23. (Natronincola)
      24. (Oxobacter)
      25. (Parasporobacterium)
      26. 八叠球菌属(Sarcina)
      27. (Soehngenia)
      28. (Sporacetigenium)
      29. (Sporobacter)
      30. (Subdoligranulum)
      31. (Tepidibacter)
      32. (Tepidimicrobium)
      33. (Thermobrachium)
      34. (Thermohalobacter)
      35. (Tindallia)
   2. 优杆菌科(Eubacteriaceae)
      1. 醋杆菌属(Acetobacterium)
      2. (Alkalibacter)
      3. (Anaerofustis)
      4. (Anaerovorax)
      5. 优杆菌属(Eubacterium)
      6. (Mogibacterium)
      7. (Pseudoramibacter)
   3. 太阳杆菌科(Heliobacteriaceae)
      1. 太阳杆状菌属(Heliobacillus)
      2. [[太阳杆菌属(Heliobacterium)
      3. 嗜日菌属(Heliophilum)
      4. (Heliorestis)
   4. 毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)
      1. (Acetitomaculum)
      2. (Anaerofilum)
      3. (Anaerostipes)
      4. 丁酸弧菌属(Butyrivibrio)
      5. (Catenibacterium)
      6. (Catonella)
      7. 粪球菌属(Coprococcus)
      8. (Johnsonella)
      9. (Lachnobacterium)
      10. 毛螺旋菌属(Lachnospira)
      11. (Moryella)
      12. (Oribacterium)
      13. 假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)
      14. (Roseburia)
      15. 瘤胃球菌属(Ruminococcus)
      16. (Shuttleworthia)
      17. (Sporobacterium)
   5. 消化球菌科(Peptococcaceae)
      1. (Carboxydothermus)
      2. (Cryptanaerobacter)
      3. (Dehalobacter)
      4. (Desulfitobacterium)
      5. (Desulfonispora)
      6. (Desulfosporosinus)
      7. (Desulfotomaculum)
      8. (Pelotomaculum)
      9. 消化球菌属(Peptococcus)
      10. (Syntrophobotulus)
      11. (Thermincola)
      12. (Thermoterrabacterium)
   6. 消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)
      1. (Anaerococcus)
      2. (Filifactor)
      3. (Finegoldia)
      4. (Fusibacter)
      5. (Gallicola)
      6. (Helcococcus)
      7. 微单胞菌属(Parvimonas) （原名Micromonas）
      8. (Peptoniphilus)
      9. 消化链球菌属(Peptostreptococcus)
      10. (Sedimentibacter)
      11. (Sporanaerobacter)
      12. (Tissierella)
   7. 互营单胞菌科(Syntrophomonadaceae)
      1. (Aminiphilus)
      2. (Aminobacterium)
      3. (Aminomonas)
      4. (Anaerobaculum)
      5. (Anaerobranca)
      6. (Caldicellulosiruptor)
      7. (Carboxydocella)
      8. (Dethiosulfovibrio)
      9. (Pelospora)
      10. 互营单胞菌属(Syntrophomonas)
      11. (Syntrophospora)
      12. 互营热菌属(Syntrophothermus)
      13. (Thermaerobacter)
      14. (Thermanaerovibrio)
      15. (Thermohydrogenium)
      16. (Thermosyntropha)
      17. (Thermovirga)
   8. 韦荣氏菌科(Veillonellaceae)
      1. (Acetonema)
      2. 氨基酸球菌属(Acidaminococcus)
      3. (Allisonella)
      4. (Anaeroarcus)
      5. (Anaeroglobus)
      6. (Anaeromusa)
      7. (Anaerosinus)
      8. (Anaerovibrio)
      9. (Centipeda)
      10. (Dendrosporobacter)
      11. (Dialister)
      12. (Megamonas)
      13. (Megasphaera)
      14. 光冈菌属(Mitsuokella)
      15. (Papillibacter)
      16. (Pectinatus)
      17. (Pelosinus)
      18. (Phascolarctobacterium)
      19. (Propionispira)
      20. (Propionispora)
      21. (Quinella)
      22. (Schwartzia)
      23. 新月形单胞菌属(Selenomonas)
      24. 鼠孢菌属(Sporomusa)
      25. (Sporotalea)
      26. (Succiniclasticum)
      27. (Succinispira)
      28. (Thermosinus)
      29. 韦荣氏菌属(Veillonella)
      30. (Zymophilus)
   9. 科未定
      1. (Anaerovirgula)
      2. (Dethiosulfatibacter)
      3. (Geosporobacter)
      4. (Howardella)
      5. (Proteiniborus)
2. 盐厌氧菌目(Halanaerobiales)
   1. 盐厌氧菌科(Halanaerobiaceae)
      1. 盐厌氧菌属(Halanaerobium)
      2. (Halocella)
      3. (Haloincola)
      4. (Halothermothrix)
   2. 盐拟杆菌科(Halobacteroidaceae)
      1. (Acetohalobium)
      2. (Halanaerobacter)
      3. 盐拟杆菌属(Halobacteroides)
      4. (Halonatronum)
      5. (Natroniella)
      6. (Orenia)
      7. (Selenihalanaerobacter)
      8. (Sporohalobacter)
3. 盐碱厌氧菌目(Natranaerobiales)
   1. 盐碱厌氧菌科(Natranaerobiaceae)
      1. 盐碱厌氧菌属(Natranaerobius)
4. 热厌氧杆菌目(Thermoanaerobacteriales)
   1. 热厌氧杆菌科(Thermoanaerobacteriaceae)
      1. (Acetogenium)
      2. (Ammonifex)
      3. (Caldanaerobacter)
      4. (Carboxydibrachium)
      5. (Coprothermobacter)
      6. (Desulfovirgula)
      7. (Gelria)
      8. (Mahella)
      9. (Moorella)
      10. (Sporotomaculum)
      11. (Tepidanaerobacter)
      12. (Thermacetogenium)
      13. 热厌氧单胞菌属(Thermanaeromonas)
      14. (Thermoanaerobacter)
      15. (Thermoanaerobium)
      16. (Thermoanaerobacterium)
      17. 热厌氧菌属(Thermoanaerobium)
      18. (Thermobacteroides)
      19. (Thermosediminibacter)
      20. (Thermovenabulum)
   2. 热脱硫菌科(Thermodesulfobiaceae)
      1. 热脱硫菌属(Thermodesulfobium)
5. 目未定
   1. (Desulfitibacter)
   2. (Symbiobacterium)

热石杆菌纲(Thermolithobacteria)

1. 热石杆菌目(Thermolithobacterales)
   1. 热石杆菌科(Thermolithobacteraceae)
      1. 热石杆菌属(Thermolithobacter)

梭杆菌门(Fusobacteria)

梭杆菌纲(Fusobacteria)

1. 梭杆菌目(Fusobacteriales)
   1. 梭杆菌科(Fusobacteriaceae)
      1. 梭杆菌属(Fusobacterium)
      2. (Ilyobacter)
      3. 纤毛菌属(Leptotrichia)
      4. (Propionigenium)
      5. (Sebaldella)
      6. (Sneathia)
      7. (Streptobacillus)
   2. 科未定
      1. (Cetobacterium)

芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)

芽单胞菌纲(Gemmatimonadetes)

1. 芽单胞菌目(Gemmatimonadales)
   1. 芽单胞菌科(Gemmatimonadaceae)
      1. 芽单胞菌属(Gemmatimonas)

黏胶球形菌门(Lentisphaerae)

黏胶球形菌纲(Lentisphaerae)

1. 黏胶球形菌目(Lentisphaerales)
   1. 黏胶球形菌科(Lentisphaeraceae)
      1. 黏胶球形菌属(Lentisphaera)
2. 食物谷菌目(Victivallales)
   1. 食物谷菌科(Victivallaceae)
      1. 食物谷菌属(Victivallis)

硝化螺旋菌门(Nitrospirae)

硝化螺旋菌纲(Nitrospira)

1. 硝化螺旋菌目(Nitrospirales)
   1. 硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae)
      1. 钩端螺菌属(Leptospirillum)
      2. 硝化螺旋菌属(Nitrospira)
      3. 磁杆菌属(Magnetobacterium)*
      4. 热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)

浮霉菌门(Planctomycetes)

浮霉菌纲(Planctomycetacia)

1. 浮霉菌目(Planctomycetales)
   1. 浮霉菌科(Planctomycetaceae)
      1. (Blastopirellula)
      2. (Gemmata)
      3. (Isosphaera)
      4. 小梨形菌属(Pirellula)
      5. 浮霉菌属(Planctomycetes)
      6. 红小梨形菌属(Rhodopirellula)
      7. (Schlesneria)
   2. 科未定 （均未能分离培养，见厌氧氨氧化菌）
      1. (Brocadia)*
      2. (Kuenenia)*
      3. (Scalindua)*

变形菌门(Proteobacteria)

α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)

1. 柄杆菌目(Caulobacterales)
   1. 柄杆菌科(Caulobacteraceae)
      1. (Asticcacaulis)
      2. 短波单胞菌属(Brevundimonas)
      3. 柄杆菌属(Caulobacter)
      4. 苯基杆菌属(Phenylobacterium)
2. (Kordiimonadales)
   1. (Kordiimonadaceae)
      1. (Kordiimonas)
3. 短小盒菌目(Parvularculales)
   1. 短小盒菌科(Parvularculaceae)
      1. 短小盒菌属(Parvularcula)
4. 根瘤菌目(Rhizobiales)
   1. 橙单胞菌科(Aurantimonadaceae)
      1. 橙单胞菌属(Aurantimonas)
      2. (Fulvimarina)
      3. (Martelella)
   2. 巴通体科(Bartonellaceae)
      1. 巴通体属(Bartonella)
      2. (Grahamella)
      3. (Rochalimaea)
   3. 拜叶林克氏菌科(Beijerinckiaceae)
      1. 拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)
      2. (Chelatococcus)
      3. (Methylocapsa)
      4. (Methylocella)
   4. 慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)
      1. 阿菲波菌属(Afipia)
      2. 农单胞菌属(Agromonas)
      3. (Balneimonas)
      4. 芽生杆菌属(Blastobacter)
      5. (Bosea)
      6. 慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)
      7. 硝化杆菌属(Nitrobacter)
      8. (Oligotropha)
      9. (Rhodoblastus)
      10. 红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)
   5. 布鲁氏菌科(Brucellaceae)
      1. 布鲁氏菌属(Brucella)
      2. (Crabtreella)
      3. (Daeguia)
      4. 枝动菌属(Mycoplana)
      5. 苍白杆菌属(Ochrobactrum)
      6. (Pseudochrobactrum)
   6. 黏着杆菌科(Cohaesibacteraceae)
      1. 黏着杆菌属(Cohaesibacter)
   7. 生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)
      1. (Ancalomicrobium)
      2. (Angulomicrobium)
      3. 水杆菌属(Aquabacter)
      4. 芽绿菌属(Blastochloris)
      5. (Devosia)
      6. (Dichotomicrobium)
      7. (Filomicrobium)
      8. (Gemmiger)
      9. 生丝微菌属(Hyphomicrobium)
      10. (Methylorhabdus)
      11. 土微菌属(Pedomicrobium)
      12. 突柄微菌属(Prosthecomicrobium)
      13. 红微菌属(Rhodomicrobium)
      14. (Rhodoplanes)
      15. (Seliberia)
   8. 甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)
      1. (Meganema)
      2. 甲基杆菌属(Methylobacterium)
      3. (Microvirga)
      4. (Protomonas)
   9. 甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)
      1. (Albibacter)
      2. 甲基孢囊菌属(Methylocystis)
      3. (Methylopila)
      4. (Methylosinus)
      5. (Pleomorphomonas)
      6. (Terasakiella)
   10. 叶杆菌科(Phyllobacteriaceae)
       1. (Aminobacter)
       2. (Aquamicrobium)
       3. (Defluvibacter)
       4. (Hoeflea)
       5. 中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)
       6. (Nitratireductor)
       7. 叶杆菌属(Phyllobacterium)
       8. (Pseudaminobacter)
   11. 根瘤菌科(Rhizobiaceae)
       1. 土壤杆菌属(Agrobacterium)
       2. 异根瘤菌属(Allorhizobium)
       3. 嗜碳菌属(Carbophilus)
       4. 螯合杆菌属(Chelatobacter)
       5. 剑菌属(Ensifer)
       6. (Kaistia)
       7. 韧皮杆菌属(Liberibacter)*
       8. 根瘤菌属(Rhizobium)
       9. 中华根瘤菌属(Sinorhizobium)
   12. 红菌科(Rhodobiaceae)
       1. (Anderseniella)
       2. (Parvibaculum)
       3. 红菌属(Rhodobium)
       4. 玫瑰螺菌属(Roseospirillum)
   13. 黄色杆菌科(Xanthobacteraceae)
       1. (Ancylobacter)
       2. (Azorhizobium)
       3. (Labrys)
       4. (Pseudolabrys)
       5. (Starkeya)
       6. 黄色杆菌属(Xanthobacter)
   14. 科未定
       1. (Sneathiella)
5. 红杆菌目(Rhodobacterales)
   1. 生丝单胞菌科(Hyphomonadaceae)
      1. (Hirschia)
      2. 生丝单胞菌属(Hyphomonas)
      3. (Maricaulis)
      4. (Oceanicaulis)
      5. (Robiginitomaculum)
   2. 红杆菌科(Rhodobacteraceae)
      1. (Ahrensia)
      2. (Albidovulum)
      3. (Amaricoccus)
      4. (Antarctobacter)
      5. (Catellibacterium)
      6. (Citreicella)
      7. (Citreimonas)
      8. (Dinoroseobacter)
      9. (Donghicola)
      10. (Gemmobacter)
      11. (Haematobacter)
      12. (Jannaschia)
      13. (Ketogulonicigenium)
      14. (Labrenzia)
      15. (Leisingera)
      16. (Loktanella)
      17. (Maribius)
      18. (Marinovum)
      19. (Maritimibacter)
      20. (Methylarcula)
      21. (Nereida)
      22. (Nesiotobacter)
      23. (Oceanibulbus)
      24. 海洋生菌属(Oceanicola)
      25. (Octadecabacter)
      26. (Palleronia)
      27. (Pannonibacter)
      28. 副球菌属(Paracoccus)
      29. (Pelagibaca)
      30. (Phaeobacter)
      31. 假红杆菌属(Pseudorhodobacter)
      32. (Pseudovibrio)
      33. (Rhodobaca)
      34. 红杆菌属(Rhodobacter)
      35. (Rhodothalassium)
      36. 小红卵菌属(Rhodovulum)
      37. (Roseibacterium)
      38. (Roseibium)
      39. (Roseicyclus)
      40. (Roseinatronobacter)
      41. (Roseisalinus)
      42. (Roseivivax)
      43. 玫瑰杆菌属(Roseobacter)
      44. (Roseovarius)
      45. (Rubellimicrobium)
      46. (Rubrimonas)
      47. (Ruegeria)
      48. (Sagittula)
      49. (Salipiger)
      50. (Shimia)
      51. (Silicibacter)
      52. (Staleya)
      53. (Stappia)
      54. (Sulfitobacter)
      55. (Tateyamaria)
      56. (Thalassobacter)
      57. (Thalassobius)
      58. (Thalassococcus)
      59. (Thioclava)
      60. 硫球形菌属(Thiosphaera)
      61. (Wenxinia)
      62. 木洞菌属(Woodsholea)
      63. 杨氏菌属(Yangia)
6. 红螺菌目(Rhodospirillales)
   1. 醋杆菌科(Acetobacteraceae)
      1. 醋杆菌属(Acetobacter)
      2. (Acidicaldus)
      3. 嗜酸菌属(Acidiphilium)
      4. 酸球形菌属(Acidisphaera)
      5. 酸胞菌属(Acidocella)
      6. 酸单胞菌属(Acidomonas)
      7. (Asaia)
      8. (Belnapia)
      9. 脆弱球菌属(Craurococcus)
      10. 葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)
      11. 葡糖杆菌属(Gluconobacter)
      12. (Granulibacter)
      13. 驹形杆菌属(Komagataeibacter)
      14. (Kozakia)
      15. 鼠球菌属(Muricoccus)
      16. (Neoasaia)
      17. (Paracraurococcus)
      18. 红球状菌属(Rhodopila)
      19. (Rhodovarius)
      20. 玫瑰球菌属(Roseococcus)
      21. 玫瑰单胞菌属(Roseomonas)
      22. (Rubritepida)
      23. (Saccharibacter)
      24. (Stella)
      25. (Swaminathania)
      26. (Teichococcus)
      27. (Zavarzinia)
   2. 红螺菌科(Rhodospirillaceae)
      1. 固氮螺菌属(Azospirillum)
      2. (Conglomeromonas)
      3. (Defluviicoccus)
      4. (Inquilinus)
      5. 磁螺菌属(Magnetospirillum)
      6. (Phaeospirillum)
      7. (Rhodocista)
      8. 红螺旋菌属(Rhodospira)
      9. 红螺菌属(Rhodospirillum)
      10. 红弧菌属(Rhodovibrio)
      11. 玫瑰螺旋菌属(Roseospira)
      12. (Skermanella)
      13. (Telmatospirillum)
      14. (Thalassospira)
      15. (Tistrella)
7. 立克次体目(Rickettsiales)
   1. 无形体科(Anaplasmataceae)
      1. (Aegyptianella)
      2. 无形体属(Anaplasma)
      3. (Cowdria)
      4. 埃里希体属(Ehrlichia)
      5. 新立克次体属(Neorickettsia)
      6. 沃巴赫体属(Wolbachia)
      7. (Xenohaliotis)*
   2. 全孢菌科(Holosporaceae)
      1. 全孢菌属(Holospora)
   3. 立克次体科(Rickettsiaceae)
      1. (Orientia)
      2. 立克次体属(Rickettsia)
   4. SAR 11群*
      1. 远洋杆菌属(Pelagibacter)*
   5. 科未定
      1. (Lyticum)
      2. (Odyssella)*
      3. (Pseudocaedibacter)
      4. (Symbiotes)
      5. (Tectibacter)
8. 鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)
   1. 赤杆菌科(Erythrobacteraceae)
      1. (Altererythrobacter)
      2. 赤杆菌属(Erythrobacter)
      3. 赤微菌属(Erythromicrobium)
      4. 紫杆菌属(Porphyrobacter)
   2. 鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)
      1. 芽单胞菌属(Blastomonas)
      2. 柠檬酸微菌属(Citromicrobium)*
      3. 赤单胞菌属(Erythromonas)
      4. 新鞘脂菌属(Novosphingobium)
      5. (Sandaracinobacter)
      6. (Sandaracinorhabdus）
      7. 鞘脂菌属(Sphingobium)
      8. 鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)
      9. (Sphingopyxis)
      10. (Sphingosinicella)
      11. 发酵单胞菌属(Zymomonas)
9. 目未定
   1. (Albimonas)
   2. (Caenispirillum)
   3. (Insolitispirillum)
   4. (Novispirillum)

β-变形菌纲(Betaproteobacteria)

1. 伯克氏菌目(Burkholderiales)
   1. 产碱菌科(Alcaligenaceae)
      1. 无色杆菌属(Achromobacter)
      2. (Advenella)
      3. 产碱菌属(Alcaligenes)
      4. (Azohydromonas)
      5. 博德氏菌属(Bordetella)
      6. (Brackiella)
      7. (Castellaniela)
      8. 德克斯氏菌属(Derxia)
      9. (Kerstersia)
      10. (Oligella)
      11. (Pelistega)
      12. (Pigmentiphaga)
      13. (Pusillimonas)
      14. (Sutterella)
      15. (Taylorella)
      16. (Tetrathiobacter)
   2. 伯克氏菌科(Burkholderiaceae)
      1. 伯克氏菌属(Burkholderia)
      2. (Chitinimonas)
      3. (Cupriavidus)
      4. (Lautropia)
      5. (Limnobacter)
      6. (Pandoraea)
      7. (Paucimonas)
      8. (Polynucleobacter)
      9. 青枯菌属(Ralstonia)
      10. (Thermothrix)
      11. 沃特氏菌属(Wautersia)
   3. 丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)
      1. 食酸菌属(Acidovorax)
      2. (Alcycliphilus)
      3. (Brachymonas)
      4. (Caenibacterium)
      5. (Caldimonas)
      6. 丛毛单胞菌属(Comamonas)
      7. (Curvibacter)
      8. 代尔夫特菌属(Delftia)
      9. (Diaphorobacter)
      10. (Giesbergeria)
      11. 噬氢菌属(Hydrogenophaga)
      12. (Hylemonella)
      13. (Lampropedia)
      14. (Macromonas)
      15. (Malikia)
      16. (Ottowia)
      17. (Pelomonas)
      18. (Polaromonas)
      19. (Ramlibacter)
      20. 红育菌属(Rhodoferax)
      21. (Schlegelella)
      22. (Simplicispira)
      23. 贪食菌属(Variovorax)
      24. (Xenophilus)
   4. 草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)
      1. (Collimonas)
      2. (Duganella)
      3. (Herbaspirillum)
      4. (Herminiimonas)
      5. (Janthinobacterium)
      6. (Massilia)
      7. (Naxibacter)
      8. (Oxalicibacterium)
      9. 草酸杆菌属(Oxalobacter)
      10. (Telluria)
      11. (Undibacterium)
   5. 科未定
      1. (Aquabacterium)
      2. (Aquincola)
      3. (Ideonella)
      4. 纤发菌属(Leptothrix)
      5. (Methylibium)
      6. (Mitsuaria)
      7. (Paucibacter)
      8. (Roseateles)
      9. 红长命菌属(Rubrivivax)
      10. (Sphaerotilus)
      11. (Tepidicella)
      12. (Tepidimonas)
      13. (Thiobacter)
      14. 硫单胞菌属(Thiomonas)
      15. (Xylophilus)
2. 嗜氢菌目(Hydrogenophilales)
   1. 嗜氢菌科(Hydrogenophilaceae)
      1. 嗜氢菌属(Hydrogenophilus)
      2. (Petrobacter)
      3. (Tepidiphilus)
      4. 硫杆状菌属(Thiobacillus)
3. 嗜甲基菌目(Methylophilales)
   1. 嗜甲基菌科(Methylophilaceae)
      1. (Methylobacillus)
      2. 嗜甲基菌属(Methylophilus)
      3. (Methylotenera)
      4. (Methylovorus)
4. 奈瑟菌目(Neisseriales)
   1. 奈瑟菌科(Neisseriaceae)
      1. (Alysiella)
      2. (Andreprevotia)
      3. 水螺菌属(Aquaspirillum)
      4. (Aquitalea)
      5. (Bergeriella)
      6. (Chitinibacter)
      7. (Chitinilyticum)
      8. 色杆菌属(Chromobacterium)
      9. (Conchiformibius)
      10. (Deefgea)
      11. 艾肯氏菌属(Eikenella)
      12. (Formivibrio)
      13. (Gulbenkiania)
      14. (Iodobacter)
      15. 金氏菌属(Kingella)
      16. 鸥杆菌属(Laribacter)
      17. (Leeia)
      18. (Microvirgula)
      19. (Morococcus)
      20. 奈瑟菌属(Neisseria)
      21. (Paludibacterium)
      22. (Prolinoborus)
      23. (Silvimonas)
      24. (Simonsiella)
      25. (Uruburuella)
      26. (Vitreoscilla)
      27. (Vogesella)
5. 亚硝化单胞菌目(Nitrosomonadales)
   1. 嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)
      1. 嘉利翁氏菌属(Gallionella)
   2. 亚硝化单胞菌科(Nitrosomonadaceae)
      1. 亚硝化叶菌属(Nitrosolobus)
      2. 亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)
      3. 亚硝化螺旋菌属(Nitrosospira)
   3. 螺菌科(Spirillaceae)
      1. 螺菌属(Spirillum)
6. 普罗卡杆菌目(Procabacteriales)*
   1. 普罗卡杆菌科(Procabacteriaceae)*
      1. 普罗卡杆菌属(Procabacter)*
7. 红环菌目(Rhodocyclales)
   1. 红环菌科(Rhodocyclaceae)
      1. 固氮弓菌属(Azoarcus)
      2. (Azonexus)
      3. (Azospira)
      4. (Azovibrio)
      5. (Dechloromonas)
      6. (Dechlorosoma)
      7. (Denitratisoma)
      8. (Ferribacterium)
      9. (Methyloversatilis)
      10. 丙酸杆菌属(Propionibacter)
      11. (Propionivibrio)
      12. (Quatrionicoccus)
      13. 红环菌属(Rhodocyclus)
      14. (Shinella)
      15. (Sterolibacterium)
      16. 陶厄氏菌属(Thauera)
      17. (Uliginosibacterium)
      18. 动胶菌属(Zoogloea)

δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)

1. 蛭弧菌目(Bdellovibrionales)
   1. (Bacteriovoracaceae)
      1. (Bacteriovorax)
      2. (Peredibacter)
   2. 蛭弧菌科(Bdellovibrionaceae)
      1. 蛭弧菌属(Bdellovibrio)
      2. (Micavibrio)
      3. (Vampirovibrio)
2. 脱硫盒菌目(Desulfarculales)
   1. 脱硫盒菌科(Desulfarculaceae)
      1. 脱硫盒菌属(Desulfarculus)
3. 脱硫杆菌目(Desulfobacterales)
   1. 脱硫杆菌科(Desulfobacteraceae)
      1. (Desulfatibacillum)
      2. (Desulfatiferula)
      3. (Desulfatirhabdium)
      4. 脱硫杆菌属(Desulfobacter)
      5. (Desulfobacterium)
      6. (Desulfobacula)
      7. (Desulfobotulus)*
      8. (Desulfocella)
      9. (Desulfococcus)
      10. (Desulfofaba)
      11. (Desulfofrigus)
      12. (Desulfomusa)
      13. (Desulfonema)
      14. (Desulforegula)
      15. (Desulfosarcina)
      16. (Desulfospira)
      17. (Desulfotignum)
   2. (Desulfobulbaceae)
      1. (Desulfobulbus)
      2. (Desulfocapsa)
      3. (Desulfofustis)
      4. (Desulfopila)
      5. (Desulforhopalus)
      6. (Desulfotalea)
   3. (Nitrospinaceae)
      1. (Nitrospina)
4. 脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)
   1. (Desulfohalobiaceae)
      1. (Desulfohalobium)
      2. (Desulfonatronovibrio)
      3. (Desulfonauticus)
      4. (Desulfothermus)
      5. (Desulfovermiculus)
   2. (Desulfomicrobiaceae)
      1. (Desulfomicrobium)
   3. (Desulfonatronaceae)
      1. (Desulfonatronum)
   4. 脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)
      1. (Bilophila)
      2. (Desulfomonas)
      3. 脱硫弧菌属(Desulfovibrio)
      4. (Lawsonia)
5. 硫还原菌目(Desulfurellales)
   1. 硫还原菌科(Desulfurellaceae)
      1. 硫还原菌属(Desulfurella)
      2. (Hippea)
6. 除硫单胞菌目(Desulfuromonadales)
   1. 除硫单胞菌科(Desulfuromonadaceae)
      1. 除硫单胞菌属(Desulfuromonas)
      2. (Desulfuromusa)
      3. (Malonomonas)
      4. (Pelobacter)
   2. 地杆菌科(Geobacteraceae)
      1. (Geoalkalibacter)
      2. 地杆菌属(Geobacter)
      3. (Geopsychrobacter)
      4. (Geothermobacter)
      5. (Trichlorobacter)
7. 黏球菌目(Myxococcales)
   1. 孢囊杆菌亚目(Cystobacterineae)
      1. 孢囊杆菌科(Cystobacteraceae)
         1. (Anaeromyxobacter)
         2. (Archangium)
         3. 孢囊杆菌属(Cystobacter)
         4. (Hyalangium)
         5. (Melittangium)
         6. (Stigmatella)
      2. 黏球菌科(Myxococcaceae)
         1. (Angiococcus)
         2. (Corallococcus)
         3. 黏球菌属(Myxococcus)
         4. (Pyxidicoccus)
   2. 侏囊菌亚目(Nannocystineae)
      1. (Haliangiaceae)
         1. (Haliangium)
      2. (Kofleriaceae)
         1. (Kofleria)
      3. 侏囊菌科(Nannocystaceae)
         1. (Enhygromyxa)
         2. 侏囊菌属(Nannocystis)
         3. (Plesiocystis)
   3. 堆囊菌亚目(Sorangineae)
      1. 多囊菌科(Polyangiaceae)
         1. (Byssovorax)
         2. (Chondromyces)
         3. (Haploangium)*
         4. (Jahnella)
         5. 多囊菌属(Polyangium)
         6. 堆囊菌属(Sorangium)
8. 互营杆菌目(Syntrophobacterales)
   1. 互营菌科(Syntrophaceae)
      1. (Desulfobacca)
      2. (Desulfomonile)
      3. (Smithella)
      4. 互营菌属(Syntrophus)
   2. 互营杆菌科(Syntrophobacteraceae)
      1. (Desulfacinum)
      2. (Desulfoglaeba)
      3. (Desulforhabdus)
      4. (Desulfovirga)
      5. 互营杆菌属(Syntrophobacter)
      6. (Thermodesulforhabdus)

ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)

1. 弯曲菌目(Campylobacterales)
   1. 弯曲菌科(Campylobacteraceae)
      1. 弓形杆菌属(Arcobacter)
      2. 弯曲菌属(Campylobacter)
      3. (Dehalospirillum)
      4. 硫螺旋菌属(Sulfurospirillum)
   2. 螺杆菌科(Helicobacteraceae)
      1. 螺杆菌属(Helicobacter)
      2. (Sulfuricurvum)
      3. (Sulfurimonas)
      4. (Sulfurovum)
      5. (Thiovulum)
      6. 沃林氏菌属(Wolinella)
   3. 氢单胞菌科(Hydrogenimonadaceae)
      1. 氢单胞菌属(Hydrogenimonas)
2. (Nautiliales)
   1. (Nautiliaceae)
      1. (Caminibacter)
      2. (Lebetimonas)
      3. (Nautilia)
      4. (Nitratifractor)
      5. (Nitratiruptor)
      6. (Thioreductor)

γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)

1. 酸硫杆状菌目(Acidithiobacillales)
   1. 酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae)
      1. 酸硫杆状菌属(Acidithiobacillus)
   2. 热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae)
      1. 热硫杆状菌属(Thermithiobacillus)
2. 气单胞菌目(Aeromonadales)
   1. 气单胞菌科(Aeromonadaceae)
      1. 气单胞菌属(Aeromonas)
      2. (Oceanimonas)
      3. (Oceanisphaera)
      4. (Tolumonas)
      5. (Zobellella)
   2. 琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae)
      1. 厌氧螺菌属(Anaerobiospirillum)
      2. 反刍杆菌属(Ruminobacter)
      3. 琥珀酸单胞菌属(Succinimonas)
      4. 琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)
3. 交替单胞菌目(Alteromonadales)
   1. 交替单胞菌科(Alteromonadaceae)
      1. (Aestuariibacter)
      2. (Agarivorans)
      3. (Alishewanella)
      4. 交替单胞菌属(Alteromonas)
      5. (Glaciecola)
      6. (Marinimicrobium)
      7. 海杆菌属(Marinobacter)
      8. 海细菌属(Marinobacterium)
      9. 产微球茎菌属(Microbulbifer)
      10. (Saccharophagus)
      11. (Salinimonas)
   2. (Colwelliaceae)
      1. (Colwellia)
      2. (Thalassomonas)
   3. (Ferrimonadaceae)
      1. (Ferrimonas)
      2. (Paraferrimonas)
   4. (Idiomarinaceae)
      1. (Idiomarina)
      2. (Pseudidiomarina)
   5. (Moritellaceae)
      1. (Moritella)
   6. 假交替单胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)
      1. (Algicola)
      2. 假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)
   7. 冷单胞菌科(Psychromonadaceae)
      1. 冷单胞菌属(Psychromonas)
   8. 希万氏菌科(Shewanellaceae)
      1. 希万氏菌属(Shewanella)
   9. 科未定
      1. (Teredinibacter)
      2. (Endobugula)*
4. 心杆菌目(Cardiobacteriales)
   1. 心杆菌科(Cardiobacteriaceae)
      1. 心杆菌属(Cardiobacterium)
      2. (Dichelobacter)
      3. (Suttonella)
5. 着色菌目(Chromatiales)
   1. 着色菌科(Chromatiaceae)
      1. (Allochromatium)
      2. (Amoebobacter)
      3. 着色菌属(Chromatium)
      4. 盐着色菌属(Halochromatium)
      5. (Isochromatium)
      6. (Lamprobacter)
      7. (Lamprocystis)
      8. (Marichromatium)
      9. 亚硝化球菌属(Nitrosococcus)
      10. 芬尼氏菌属(Pfennigia)
      11. 棍着色菌属(Rhabdochromatium)
      12. (Rheinheimera)
      13. 热着色菌属(Thermochromatium)
      14. 硫碱球菌属(Thioalkalicoccus)
      15. 硫橄榄菌属(Thiobaca)
      16. 硫匣菌属(Thiocapsa)
      17. 硫球菌属(Thiococcus)
      18. 硫囊菌属(Thiocystis)
      19. 硫网菌属(Thiodictyon)
      20. 硫黄球菌属(Thioflavicoccus)
      21. 硫盐匣菌属(Thiohalocapsa)
      22. (Thiolamprovum)
      23. (Thiopedia)
      24. 硫红球菌属(Thiorhodococcus)
      25. 硫红弧菌属(Thiorhodovibrio)
      26. 硫螺菌属(Thiospirillum)
   2. 外硫红螺旋菌科(Ectothiorhodospiraceae)
      1. 碱湖生菌属(Alkalilimnicola)
      2. 碱螺菌属(Alkalispirillum)
      3. (Aquisalimonas)
      4. (Arhodomonas)
      5. (Ectothiorhodosinus)
      6. 外硫红螺旋菌属(Ectothiorhodospira)
      7. 盐红螺旋菌属(Halorhodospira)
      8. (Natronocella)
      9. 硝化球菌属(Nitrococcus)
      10. 硫碱螺旋菌属(Thioalkalispira)
      11. 硫碱弧菌属(Thialkalivibrio)
      12. 硫红螺旋菌属(Thiorhodospira)
   3. 颗粒状球菌科(Granulosicoccaceae)
      1. 颗粒状球菌属(Granulosicoccus)
   4. 盐硫杆状菌科(Halothiobacillaceae)
      1. 盐硫杆状菌属(Halothiobacillus)
      2. (Thiovirga)
6. 肠杆菌目(Enterobacteriales)
   1. 肠杆菌科(Enterobacteriaceae)
      1. (Arsenophonus)
      2. (Brenneria)
      3. 布赫纳氏菌属(Buchnera)
      4. (Budvicia)
      5. 布丘氏菌属(Buttiauxella)
      6. (Calymmatobacterium)
      7. 西地西菌属(Cedecea)
      8. 柠檬酸杆菌属(Citrobacter)
      9. (Dickeya)
      10. 爱德华氏菌属(Edwardsiella)
      11. 肠杆菌属(Enterobacter)
      12. 欧文氏菌属(Erwinia)
      13. 埃希氏菌属(Escherichia) （包含大肠杆菌）
      14. (Ewingella)
      15. 哈夫尼菌属(Hafnia)
      16. 克雷伯氏菌属(Klebsiella)
      17. 克吕沃氏菌属(Kluyvera)
      18. (Leclercia)
      19. (Leminorella)
      20. (Levinea)
      21. (Moellerella)
      22. (Morganella)
      23. (Obesumbacterium)
      24. 泛菌属(Pantoea)
      25. (Pectobacterium)
      26. (Phlomobacter)*
      27. (Photorhabdus)
      28. 邻单胞菌属(Plesiomonas)
      29. (Pragia)
      30. 变形杆菌属(Proteus) （注：或译作“变形菌属”，此处把“变形菌”一词留给Proteobacteria）
      31. 普罗维登斯菌属(Providencia)
      32. (Rahnella)
      33. (Raoultella)
      34. 糖杆菌属(Saccharobacter)
      35. 沙门氏菌属(Salmonella)
      36. (Samsonia)
      37. 沙雷氏菌属(Serratia)
      38. 志贺氏菌属(Shigella)
      39. (Sodalis)
      40. (Tatumella)
      41. (Thorsellia)
      42. (Trabulsiella)
      43. (Wigglesworthia)
      44. 致病杆菌属(Xenorhabdus)
      45. 耶尔辛氏菌属(Yersinia) （包含鼠疫杆菌）
      46. (Yokenella)
7. 军团菌目(Legionellales)
   1. 柯克斯体科(Coxiellaceae)
      1. (Aquicella)
      2. 柯克斯体属(Coxiella)
      3. 立克次小体属(Rickettsiella)
   2. 军团菌科(Legionellaceae)
      1. (Fluoribacter)
      2. 军团菌属(Legionella)
      3. (Sarcobium)
      4. (Tatlockia)
8. 甲基球菌目(Methylococcales)
   1. 甲基球菌科(Methylococcaceae)
      1. 甲基杆菌属(Methylobacter)
      2. 甲基暖菌属(Methylocaldum)
      3. 甲基球菌属(Methylococcus)
      4. 甲基盐菌属(Methylohalobius)
      5. 甲基微菌属(Methylomicrobium)
      6. 甲基单胞菌属(Methylomonas)
      7. 甲基八叠球菌属(Methylosarcina)
      8. (Methylosoma)
      9. 甲基球形菌属(Methylosphaera)
      10. 甲基热菌属(Methylothermus)
9. 海洋螺菌目(Oceanospirillales)
   1. 食碱菌科(Alcanivoraceae)
      1. 食碱菌属(Alcanivorax)
      2. (Fundibacter)
      3. (Kangiella)
   2. 河氏菌科(Hahellaceae)
      1. (Endozoicomonas)
      2. 河氏菌属(Hahella)
      3. (Halospina)
      4. (Zooshikella)
   3. 盐单胞菌科(Halomonadaceae)
      1. (Carnimonas)
      2. 色盐杆菌属(Chromohalobacter)
      3. (Cobetia)
      4. (Deleya)
      5. 盐单胞菌属(Halomonas)
      6. (Halotalea)
      7. (Halovibrio)
      8. (Modicisalibacter)
      9. (Salicola)
      10. (Volcaniella)
      11. 发酵杆菌属(Zymobacter)
   4. 岸生菌科(Litoricolaceae)
      1. 岸生菌属(Litoricola)
   5. 海洋螺菌科(Oceanospirillaceae)
      1. (Amphritea)
      2. 巴氏发菌属(Balneatrix)
      3. 海单胞菌属(Marinomonas)
      4. 海螺菌属(Marinospirillum)
      5. (Neptuniibacter)
      6. (Neptunomonas)
      7. (Nitrincola)
      8. 海洋杆菌属(Oceanobacter)
      9. 海洋螺菌属(Oceanospirillum)
      10. 油螺旋菌属(Oleispira)
      11. 假螺菌属(Pseudospirillum)
      12. (Reinekea)
      13. (Thalassolituus)
   6. 嗜油菌科(Oleiphilaceae)
      1. 嗜油菌属(Oleiphilus)
   7. 糖螺菌科(Saccharospirillaceae)
      1. 糖螺菌属(Saccharospirillum)
10. 巴斯德氏菌目(Pasteurellales)
    1. 巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)
       1. 放线杆菌属(Actinobacillus)
       2. (Aggregatibacter)
       3. (Avibacterium)
       4. (Bibersteinia)
       5. (Gallibacterium)
       6. 嗜血菌属(Haemophilus)
       7. (Histophilus)
       8. (Lonepinella)
       9. (Mannheimia)
       10. (Nicoletella)
       11. 巴斯德氏菌属(Pasteurella)
       12. (Phocoenobacter)
       13. (Volucribacter)
11. 假单胞菌目(Pseudomonadales)
    1. 莫拉菌科(Moraxellaceae)
       1. 不动杆菌属(Acinetobacter)
       2. (Alkanindiges)
       3. 布兰汉氏菌(Branhamella)
       4. (Enhydrobacter)
       5. 莫拉菌属(Moraxella)
       6. (Perlucidibaca)
       7. 冷杆菌属(Psychrobacter)
    2. 假单胞菌科(Pseudomonadaceae)
       1. (Azomonas)
       2. (Azomonotrichon)
       3. (Azorhizophilus)
       4. (Azotobacter)
       5. 纤维弧菌属(Cellvibrio)
       6. (Chryseomonas)
       7. (Flavimonas)
       8. (Mesophilobacter)
       9. 假单胞菌属(Pseudomonas)
       10. 根瘤杆菌属(Rhizobacter)
       11. 皱纹单胞菌属(Rugamonas)
       12. 蛇形菌属(Serpens)
12. 咸水球形菌目(Salinisphaerales)
    1. 咸水球形菌科(Salinisphaeraceae)
       1. 咸水球形菌属(Salinisphaera)
13. 硫发菌目(Thiotrichales)
    1. (Francisellaceae)
       1. (Francisella)
    2. 鱼立克次体科(Piscirickettsiaceae)
       1. (Cycloclasticus)
       2. (Hydrogenovibrio)
       3. (Methylophaga)
       4. 鱼立克次体属(Piscirickettsia)
       5. (Sulfurivirga)
       6. (Thioalkalimicrobium)
       7. (Thiomicrospira)
    3. 硫发菌科(Thiotrichaceae)
       1. 无色菌属(Achromatium)
       2. 贝扎托菌属(Beggiatoa)
       3. 亮发菌属(Leucothrix)
       4. 硫杆菌属(Thiobacterium)
       5. 硫珠菌属(Thiomargarita)
       6. 硫辫菌属(Thioploca)
       7. 硫螺旋菌属(Thiospira)
       8. 硫发菌属(Thiothrix)
    4. 科未定
       1. (Caedibacter)
       2. (Fangia)
14. 弧菌目(Vibrionales)
    1. 弧菌科(Vibrionaceae)
       1. (Aliivibrio)
       2. 异单胞菌属(Allomonas)
       3. (Beneckea)
       4. 链状球菌属(Catenococcus)
       5. 肠弧菌属(Enterovibrio)
       6. (Grimontia)
       7. (Listonella)
       8. (Lucibacterium)
       9. 发光杆菌属(Photobacterium)
       10. (Salinivibrio)
       11. 弧菌属(Vibrio)
15. 黄色单胞菌目(Xanthomonadales)
    1. 华杆菌科(Sinobacteraceae)
       1. (Hydrocarboniphaga)
       2. (Nevskia)
       3. 华杆菌属(Sinobacter)
    2. 黄色单胞菌科(Xanthomonadaceae)
       1. 水单胞菌属(Aquimonas)
       2. (Arenimonas)
       3. (Aspromonas)
       4. (Dokdonella)
       5. (Dyella)
       6. (Frateuria)
       7. (Fulvimonas)
       8. (Ignatzschineria)
       9. (Luteibacter)
       10. (Luteimonas)
       11. (Lysobacter)
       12. 假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomonas)
       13. (Rhodanobacter)
       14. (Silanimonas)
       15. (Stenotrophomonas)
       16. 热单胞菌属(Thermomonas)
       17. 黄色单胞菌属(Xanthomonas)
       18. (Xylella)
16. 目未定
    1. 碱单胞菌属(Alkalimonas)
    2. (Bowmanella)
    3. 聚集杆菌属(Congregibacter)*
    4. (Methylohalomonas)
    5. (Methylonatrum)
    6. (Sedimenticola)
    7. (Solimonas)
    8. (Thiohalomonas)
    9. (Thiohalophilus)

螺旋体门(Spirochaetes)

螺旋体纲(Spirochaetes)

1. 螺旋体目(Spirochaetales)
   1. 短螺旋体科(Brachyspiraceae)
      1. 短螺旋体属(Brachyspira)
      2. 小蛇菌属(Serpulina)
   2. 钩端螺旋体科(Leptospiraceae)
      1. 纤线菌属(Leptonema)
      2. 钩端螺旋体属(Leptospira)
      3. (Turneriella)
   3. 螺旋体科(Spirochaetaceae)
      1. 疏螺旋体属(Borrelia)
      2. (Brevinema)
      3. (Clevelandina)
      4. (Cristispira)
      5. (Diplocalyx)
      6. (Hollandina)
      7. (Pillotina)
      8. 螺旋体属(Spirochaeta)
      9. 密螺旋体属(Treponema)

柔膜菌门(Tenericutes)

注：此处Tenericutes不同于原先基于形态分类的“软壁菌门”，而仅包括枝原体及其基于分子演化分类的亲属

柔膜菌纲(Mollicutes)

1. 无胆甾原体目(Acholeplasmatales)
   1. 无胆甾原体科(Acholeplasmataceae)
      1. 无胆甾原体属(Acholeplasma)
      2. 植原体属(Phytoplasma)*
2. 厌氧原体目(Anaeroplasmatales)
   1. 厌氧原体科(Anaeroplasmataceae)
      1. 厌氧原体属(Anaeroplasma)
      2. 无甾醇原体属(Asteroleplasma)
3. 虫原体目(Entomoplasmatales)
   1. 虫原体科(Entomoplasmataceae)
      1. 虫原体属(Entomoplasma)
      2. 中间原体属(Mesoplasma)
   2. 螺原体科(Spiroplasmataceae)
      1. 螺原体属(Spiroplasma)
4. 枝原体目(Mycoplasmatales)
   1. 枝原体科(Mycoplasmataceae)
      1. (Allobaculum)
      2. (Eperythrozoon)
      3. (Haemobartonella)
      4. 枝原体属(Mycoplasma)
      5. 脲原体属(Ureaplasma)
5. 目未定
   1. 丹毒丝菌科(Erysipelothrichaceae)
      1. (Bulleidia)
      2. 丹毒丝菌属(Erysipelothrix)
      3. (Holdemania)
      4. (Solobacterium)

热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria)

热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria)

1. 热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales)
   1. 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae)
      1. (Thermodesulfatator)
      2. 热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)

热微菌门(Thermomicrobia)

热微菌纲(Thermomicrobia)

1. 热微菌目(Thermomicrobiales)
   1. 热微菌科(Thermomicrobiaceae)
      1. 热微菌属(Thermomicrobium)

热袍菌门(Thermotogae)

热袍菌纲(Thermotogae)

1. 热袍菌目(Thermotogales)
   1. 热袍菌科(Thermotogaceae)
      1. (Fervidobacterium)
      2. (Geotoga)
      3. (Marinitoga)
      4. (Petrotoga)
      5. (Thermosipho)
      6. 热袍菌属(Thermotoga)

疣微菌门(Verrucomicrobia)

丰祐菌纲(Opitutae)

（注：正确形式似应为Opituti）

1. 丰祐菌目(Opitutales)
   1. 丰祐菌科(Opitutaceae)
      1. 交替球菌属(Alterococcus)
      2. 丰祐菌属(Opitutus)
2. 紫红球菌目(Puniceicoccales)
   1. 紫红球菌科(Puniceicoccaceae)
      1. (Cerasicoccus)
      2. (Coraliomargarita)
      3. (Pelagicoccus)
      4. 紫红球菌属(Puniceicoccus)

疣微菌纲(Verrucomicrobiae)

1. 疣微菌目(Verrucomicrobiales)
   1. 疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)
      1. (Akkermansia)
      2. 突柄杆菌属(Prosthecobacter)
      3. (Rubritalea)
      4. 疣微菌属(Verrucomicrobium)
   2. (Xiphinematobacteraceae)*
      1. (Xiphinematobacter)*

门未定

1. (Jonquetella)

纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)

1. 纤线杆菌目(Ktedonobacterales)
   1. 纤线杆菌科(Ktedonobacteraceae)
      1. 纤线杆菌属(Ktedonobacter)