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长井真琴（日语：長井 真琴／ながい まこと Nagai Makoto，1881年7月28日—1970年8月8日），生于日本福井县丹生郡殿下村（今福井市），日本佛教学者，专长于巴利文佛典。
其父长井真应，为胜鬘寺住持，属净土真宗高田派。长井真琴为家中长子，其弟长井津、长井满。
长井真琴毕业于东京帝国大学（今东京大学），为高楠顺次郎门下弟子，是日本最早投入巴利文佛典研究的学者之一。1924年，加入高楠顺次郎发起的巴利文佛典注释书翻译工作，在这个领域持续工作超过30年。1934年成为东京帝国大学教授。