多重序列比对

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电脑程式ClustalW,以多个生物个体的酸性核糖体蛋白P0(acidic ribosomal protein P0;L10E)的前90个位置所作的多重序列比对。

多重序列比对Multiple sequence alignmentMSA)是对三个以上的生物学序列(biological sequence),如蛋白质序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比对。一般来说,是输入一组假定拥有演化关系的序列。从MSA的结果可推导出序列的同源性,而种系发生关系也可引导出这些序列共同的演化始祖。如右图般的视觉化叙述可描绘出各种突变事件,例如点突变的单格变化,或是如删除突变与插入突变,可使各个序列之间产生鸿沟。MSA常用来研究序列的保守性(conservation),或是蛋白质结构域三级结构二级结构,甚至是个别的氨基酸核苷酸

参见[编辑]

外部链接[编辑]

相关文献[编辑]

  • Duret, L.; S. Abdeddaim. Multiple alignment for structural functional or phylogenetic analyses of homologous sequences. (编) D. Higgins and W. Taylor. Bioinformatics sequence structure and databanks. Oxford: Oxford University Press. 2000. 
  • Notredame, C. Recent progresses in multiple sequence alignment: a survey. Pharmacogenomics. 2002, 31 (1): 131 –– 144. 
  • Thompson, J. D.; F. Plewniak and O. Poch. A comprehensive comparison of multiple sequence alignment programs. Nucleic Acids Research. 1999, 27 (13): 12682––2690. 
  • Wallace, I.M.; Blackshields G and Higgins DG. Multiple sequence alignments. Curr Opin Struct Biol. 2005, 15 (3): 261–6.