車駕清吏司，明清時兵部官署名稱。
明朝洪武二十九年（1396年）改駕部為車駕清吏司。管理鹵簿、儀仗、禁衛、驛傳、廄牧。設郎中一人正五品，員外郎一人從五品，主事二人正六品，1467年—1581年，增設郎中一人。南京兵部亦設。清朝順治元年（1644年），沿置車駕清吏司，設郎中三人：宗室一人，滿洲一人，漢族一人；員外郎四人：宗室一人，滿洲二人，蒙古一人；主事二人：滿洲一人，漢族一人。掌管馬政、傳遞文書。下設驛傳科、腳力科、馬政科、馬檔房、遞送科。清末廢除太僕寺，合併入車駕清吏司，成立軍牧司。
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