UniProt

通用蛋白質資源庫
UniProt
內容
取得的資料類型	蛋白質註釋
有機體（生物）	所有
相關資訊
研究中心	英國歐洲分子生物學實驗室-歐洲生物資訊研究所（EMBL-EBI）、瑞士生物資訊研究所（SIB）（英語：Swiss Institute of Bioinformatics）、美國蛋白質資訊資源（PIR）（英語：Protein Information Resource）
主要參考文獻（參照）	通用蛋白質資源的當前和未來發展
訪問
資料格式	自訂平面檔案、FASTA、GFF（英語：General feature format）、RDF、XML
網站	www.uniprot.org
下載網址	www.uniprot.org/downloads&用於下載完整的數據集ftp.uniprot.org
網絡服務網址	是 – JAVA應用程式介面在這裏看到資訊&表現層狀態轉換在這裏看到資訊
工具
網絡	高級搜尋，BLAST，ClustalO，批次檢索/下載，ID對映
其它資訊
許可	共享創意署名-禁止改作
軟件版本號	是
資料發布頻率	4周一次
管理政策	是 – 手動和自動。數據庫監護人和計算演算法生成的自動註釋規則。
可否列為書籤	是 – 個別蛋白質條目和搜尋

通用蛋白質資源庫（英語：Universal Protein resource，直譯：「通用／聯合蛋白質資源」，混成詞：UniProt），是通過結合瑞士蛋白質資料庫（Swiss-Prot）、歐洲分子生物學實驗室核苷酸序列資料庫與蛋白質轉譯庫（Translation of European Molecular Biology Laboratory nucleotide sequence database，縮寫：TrEMBL）和蛋白質資訊資源-蛋白質序列資料庫（PIR-PSD）建立的蛋白質資料中央資料庫，一個全面的，高質素的，免費使用蛋白質序列與功能資訊資料，許多內容來自基因組計劃，它還包含了大量來自研究文獻的關於蛋白的生物學功能資訊。

UniProt共同體

UniProt共同體由歐洲生物資訊研究所（EBI），瑞士生物資訊研究所（SIB）（英語：Swiss Institute of Bioinformatics），以及美國蛋白質資訊資源（PIR）（英語：Protein Information Resource）組成。歐洲生物資訊研究所坐落於英國欣克斯頓（英語：Hinxton）的惠康信任基因組園區（英語：Wellcome Genome Campus），擁有大量的生物資訊科學資料庫及服務資源。瑞士生物資訊研究所位於瑞士的日內瓦，維持專家蛋白質分析系統（英語：ExPASy），該系統是一個蛋白質組學工具和資料庫資源中心伺服器的運作。PIR由美國華盛頓特區喬治城大學醫學中心的國家生物醫學研究基金會 (National Biomedical Research Foundation，NBRF) 主辦，是最早的蛋白質序列資料庫，瑪格麗特·戴霍夫於1965年首次出版的《蛋白質序列和結構圖集》（Atlas of Protein Sequence and Structure）。2002年，EBI，SIB和PIR聯合成為UniProt共同體^[2]。

UniProt資料庫的根源

每個共同體成員都積極參與蛋白質資料庫維護和註釋。直到最近，歐洲生物資訊研究所（EBI）和瑞士生物資訊研究所（SIB）一起產生了瑞士蛋白質資料庫（Swiss-Prot）和TrEMBL資料庫，而蛋白質資訊資源（PIR）產生了蛋白質序列資料庫（Protein Information Resource-Protein Sequence Database，PIR-PSD）^[3]^[4]^[5]。這些資料庫與不同的蛋白質序列覆蓋和註釋優先級共存。

參考文獻

^ PMID 21051339（PMID 21051339）
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^ 2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database. National Human Genome Research Institute (NHGRI). [14 April 2018]. （原始內容存檔於2015-09-24）.
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^ Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 365–370. PMC 165542 . PMID 12520024. doi:10.1093/nar/gkg095.

外部連結

[pmid21051339-1] PMID 21051339（PMID 21051339）
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[2] 2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database. National Human Genome Research Institute (NHGRI). [14 April 2018]. （原始內容存檔於2015-09-24）.

[pmid12230036-3] O'Donovan, C.; Martin, M. J.; Gattiker, A.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Apweiler, R. High-quality protein knowledge resource: SWISS-PROT and TrEMBL. Briefings in Bioinformatics. 2002, 3 (3): 275–284. PMID 12230036. doi:10.1093/bib/3.3.275.

[pmid12520019-4] Wu, C. H.; Yeh, L. S.; Huang, H.; Arminski, L.; Castro-Alvear, J.; Chen, Y.; Hu, Z.; Kourtesis, P.; Ledley, R. S.; Suzek, B. E.; Vinayaka, C. R.; Zhang, J.; Barker, W. C. The Protein Information Resource. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 345–347. PMC 165487 . PMID 12520019. doi:10.1093/nar/gkg040.

[pmid12520024-5] Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 365–370. PMC 165542 . PMID 12520024. doi:10.1093/nar/gkg095.

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閱論編生物資訊科學
資料庫	定序資料庫：GenBank、European Nucleotide Archive（英語：European Nucleotide Archive）、日本DNA資料庫(DDBJ) 輔助資料庫：UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL 和蛋白質資訊資源（英語：Protein Information Resource）其它資料庫：蛋白質資料庫, Ensembl, 和InterPro（英語：InterPro）專項基因組資料庫：酵母基因組資料庫（英語：Saccharomyces Genome Database）、FlyBase（英語：FlyBase）、VectorBase（英語：VectorBase）、PomBase、WormBase（英語：WormBase）、PHI-base（英語：PHI-base）、阿拉伯芥資訊資源（英語：The Arabidopsis Information Resource）與斑馬魚資訊網（英語：Zebrafish Information Network）
軟件	BLAST Bowtie Clustal EMBOSS（英語：EMBOSS） HMMER（英語：HMMER） MUSCLE SAMtools（英語：SAMtools） TopHat（英語：TopHat (bioinformatics)）
其它	伺服器：ExPASy（英語：ExPASy）本體論：基因本體
機構	歐洲生物資訊研究所(EMBL-EBI) 歐洲分子生物學實驗室(EMBL) 美國國家生物技術資訊中心（NCBI）瑞士生物資訊科學研究所（英語：Swiss Institute of Bioinformatics）日本國立遺傳學研究所博德研究所維康桑格研究所斯克里普斯研究所(TSRI)
檔案格式	FASTA格式 FASTQ格式斯德哥爾摩格式（英語：Stockholm format）
有關議題	計算生物學分子種系發生學定序序列比對
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