模式種（英語：Type species）是生物分類學上的一個名詞，是用來代表一個屬或屬以下分類群的物種，嚴格來說，模式種一詞只用於動物分類學上。
在植物分類學中，包括屬與種在內，皆是由標本或繪圖來做代表，稱為模式標本，「模式種」在植物分類上，則是一個非正式的稱呼。
