眼子菜科在克朗奎斯特分类法中被分到茨藻目中,但在1998年的APG 分类法和2003年经过修订的APG II 分类法中被分到泽泻目,同时合并了原来的角果藻科,但排除了川蔓藻属的植物品种。包括大约几十种水生植物,有漂浮的也有沉水的。