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在植物學裡，胚軸是幼苗的一個部分。以子葉作為分界，其上稱為上胚軸（英語：epicotyl），其下稱為下胚軸（英語：hypocotyl）。植物胚胎在發芽的過程中會生長出胚根，向下生長至土壤之中。在胚根發育之後，在胚根之上的胚軸是初始支撐子葉的構造，後續會發育成莖。
在一些植物裡，胚軸可作為儲藏養分的器官，例如仙客來和大岩桐。
