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酶工程(英語:Enzyme engineering)又可以說是蛋白質工程學,利用傳統突變技術或是分子生物學技術,將蛋白質上的氨基酸進行突變,已改變蛋白質之化學性質和功能。例如:在酵素的應用上,可以讓原本不難熱的酵素,經過酵素工程改變後,酵素可以耐熱。