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愛沙尼亞足球協會（愛沙尼亞語：Eesti Jalgpalli Liit，簡稱EJL）是愛沙尼亞的足球主管團體，總部設於塔林，負責組織各級聯賽（最高級別是爱沙尼亚足球甲级联赛）、愛沙尼亞盃（Estonian Cup）及愛沙尼亞國家隊。
愛沙尼亞足球協會早於1923年已加入歐洲足協，但其後因被蘇聯併吞而解散。1992年脫離俄羅斯獨立後再重新加入。
