Entrez

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Entrez標誌

Entrez全局查詢跨數據庫搜索系統是一個聯合搜尋英语Federated search引擎。它能讓使用者能一次搜尋NCBI網站上的許多不同的健康科學數據庫[1]。該數據庫能快速搜尋蛋白質的一級結構、高級結構,以及相關的參考資料。Entrez系統同時還提供基因的序列信息以及染色體定位。另外,可以從Entrez系統上獲取一些教材。其名稱「Entrez」(源自法語,意思爲「進來吧!」)旨在表現該數據庫歡迎公眾搜尋NLM(國家醫學圖書館)的內容的熱情。

數據庫[编辑]

Entrez會在下列數據庫中進行搜尋:

  • PubMed
  • PMC(PubMed Central免費獲取PubMed上的文章全文)
  • 站點搜尋:NCBI網頁以及FTP
  • 在線圖書
  • 人類孟德爾遺傳學 (OMIM)
  • 核酸序列數據庫 (GenBank)
  • 蛋白質序列數據庫
  • Genome:人全基因組序列以及染色體定位
  • Structure:大分子三維結構
  • Taxonomy: GenBank中生物的分類學
  • SNP:單核苷酸多態性
  • Gene:[2]基因以及相關信息
  • HomoloGene:真核生物同源群
  • PubChem 小分子化學結構
  • PubChem Substance(PCS): 化學物質信息
  • 基因組計劃:基因組計劃信息
  • UniGene:轉錄序列的基因導向簇
  • CDD英语Conserved domain database:保守的蛋白質結構域數據庫
  • PopSet:群體研究資料集(流行病學)
  • GEO Profiles:基因表現以及表現水平的數據
  • GEO DataSets: GEO數據的實驗數據集
  • Sequence read archive(序列讀取存盤):高通量測序數據
  • Cancer Chromosomes(癌症染色體):細胞遺傳學數據庫cytogenetic databases
  • PubChem BioAssay(PubChem生物測定):化學物質的生物活性背景bioactivity screens of chemical substances
  • Probe:序列特異性試劑
  • NLM Catalog: NLM目錄,包括總數達120萬的期刊、圖書、多媒體資料、計算機軟件、電子資源,以及其他一些LocatorPlus上的資源,每週都會更新。

使用[编辑]

除了直接使用Entrez搜尋全局資料外,NCBI還提供了Entrez的編程工具[3](eUtils)。使用這個工具能得到更精確的結果。

歷史[编辑]

1991年,Entrez資料庫以CD的形式開始運作。1993年,Entrez建立了因特網上的資料庫。1994年,NCBI建立了網站,Entrez也自然成爲網站的一部分。2001年,Entrez暑假上線。2003年,NCBI開發了Entrez基因數據庫[4]

參考[编辑]

  1. ^ NCBI Resource Coordinators. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Research. 2012, 41 (Database issue): D8–D20. PMC 3531099. PMID 23193264. doi:10.1093/nar/gks1189. 
  2. ^ Home - Gene - NCBI. 
  3. ^ Entrez Utilities. 
  4. ^ Smith, Kent. A Brief History of NCBI’s Formation and Growth. The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. [3 May 2014]. 

外部連結[编辑]