Pfam

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Pfam
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许可 GNU宽通用公共许可证
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Pfam是一個蛋白質家族資料庫。此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註[1][2][3]

特色[编辑]

Pfam中所登錄的每一個蛋白質家族可以:

  • 查詢多重序列比對
  • 查看蛋白質主要結構
  • 檢視物種演化樹
  • 連結其他資料庫
  • 查看已知的蛋白質結構

Pfam內的蛋白質家族描述由維基百科使用者管理。

Pfam的最新版本是「Pfam 27.0」(2013年3月,共計14,831個家族)[4]


參見[编辑]

  • TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation
  • InterPro英语InterPro Integration of protein domain and protein family databases
  • PDBfam — thorough assignment of Pfam domains to sequences in the Protein Data Bank (PDB)[5][6]

參考文獻[编辑]

  1. ^ Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D281–8. PMC 2238907. PMID 18039703. doi:10.1093/nar/gkm960. 
  2. ^ Finn, R. D.; Mistry, J.; Schuster-Böckler, B.; Griffiths-Jones, S.; Hollich, V.; Lassmann, T.; Moxon, S.; Marshall, M.; Khanna, A.; Durbin, R.; Eddy, S. R.; Sonnhammer, E. L.; Bateman, A. Pfam: clans, web tools and services (Free full text). Nucleic Acids Research. Jan 2006, 34 (Database issue): D247–D251. ISSN 0305-1048. PMC 1347511. PMID 16381856. doi:10.1093/nar/gkj149.  编辑
  3. ^ Bateman, A.; Coin, L.; Durbin, R.; Finn, R. D.; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, E. L.; Studholme, D. J.; Yeats, C.; Eddy, S. R. The Pfam protein families database (Free full text). Nucleic Acids Research. Jan 2004, 32 (Database issue): 138D–1141. ISSN 0305-1048. PMC 308855. PMID 14681378. doi:10.1093/nar/gkh121.  编辑
  4. ^ Pfam release notes. Sanger. [2012-01-12]. [失效連結]
  5. ^ Dunbrack, Roland. PDBfam. PDBfam. Fox Chase Cancer Center. [9 March 2013]. 
  6. ^ Xu, Qifang; Dunbrack, Roland. Assignment of protein sequences to existing domain and family classification systems: Pfam and the PDB. Bioinformatics. 2012, 28 (21): 2763–72. PMC 3476341. PMID 22942020. doi:10.1093/bioinformatics/bts533. 

外部連結[编辑]