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澎湖港口

台灣港口

馬公市	馬公第一漁港第二漁港第三漁港案山重光西衛安宅前寮石泉菜園鳥崁鐵線鎖港山水井垵五德嵵裡風櫃東風櫃西風櫃北虎井桶盤
湖西鄉	龍門尖山中西潭邊成功西溪紅羅青螺白坑南寮北寮菓葉沙港東沙港中沙港西
白沙鄉	赤崁後寮中屯港子鎮海講美城前瓦硐通梁大倉岐頭員貝鳥嶼吉貝
西嶼鄉	合界橫礁小門竹灣二崁大菓葉赤馬池西大池內垵南內垵北外垵
望安鄉	水垵中社潭門將軍南將軍北花嶼東嶼坪西嶼坪東吉
七美鄉	南滬潭子

澎湖商港

馬公市	馬公商港（往高雄、嘉義、台中、台南）馬公第一漁港（遊艇碼頭）馬公第二漁港（往桶盤、虎井）馬公第三漁港（往望安島、七美嶼、將軍嶼、花嶼）重光（往大倉嶼）虎井（虎井嶼）桶盤（桶盤嶼）
湖西鄉	龍門、尖山漁港（往嘉義）
白沙鄉	赤崁（往吉貝）後寮（往吉貝）岐頭（往員貝嶼、鳥嶼）吉貝（吉貝嶼）大倉（大倉嶼）鳥嶼（鳥嶼）員貝（員貝嶼）
西嶼鄉	無
望安鄉	潭門將軍南（將軍澳嶼）花嶼（花嶼）東嶼坪西嶼坪東吉（往台南）
七美鄉	南滬

澎湖軍港

馬公市	澎湖海軍基地（位於案山里測天島）