基因间区段(英语:Intergenic region)又称基因间隔区,是指穿插在基因与基因之间的DNA序列,这些序列不生产蛋白质,在人类基因组中占了大多数。
基因间区段的少数序列会影响基因的表现,但大多数序列并没有作用,或是功能未知。