孔祐,南朝宋、南朝齊隱士,會稽郡山陰縣(今浙江省紹興市)人,孔子第二十八代孫,孔汪的孫子,江夏太守孔俟的兒子。
孔祐有至行,隱居四明山,曾見山谷中有數百斛錢,視之如瓦礫。曾有鹿中箭,孔祐為它養傷,鹿傷好後離去。會稽郡太守王僧虔稱他為古之遺德,請他擔任主簿,沒有就任。他的兒子孔道徽、孫子孔總。