吳瑛（1963年—），分子生物學家，美籍華人。丈夫饒毅亦為著名生物學家。
吳瑛本科畢業於上海第一醫學院（現復旦大學上海醫學院），1991年獲美國史丹福大學博士學位。曾任美國華盛頓大學教授。美國西北大學講座教授，北京清華大學長江學者講座教授，中國科學院生物物理研究所研究員。
吳瑛以研究RNA剪接的分子生物學著名。曾獲中國國家自然科學基金委員會「國家傑出青年基金」B類。
