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PANGOLIN

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PANGOLIN
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首次發佈2020年4月30日,​4年前​(2020-04-30
當前版本
  • 4.3.1(2023年7月26日)[1]
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原始碼庫github.com/cov-lineages/pangolin
程式語言Python
許可協議GNU通用公共許可證
網站pangolin.cog-uk.io/ 編輯維基數據

PANGOLIN(Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages,中文又翻譯為彭高命名系統)是一個由Rambaut Lab成員開發的軟件工具,與其相關的網絡應用由位於英國南劍橋郡基因組病原體監測中心英語Centre for Genomic Pathogen Surveillance開發[2]。該工具可以被用來對嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒2型基因譜系英語Lineage (genetic)進行動態命名(PANGO命名法)[3]

據此命名系統的發起人之一Andrew Rambaut所說,SARS-CoV-2有數以萬計的基因體,該基因體數量可是前所未見的,由於截至2020年7月還沒有共識去為SARS-CoV-2種系命名,因此就訂出這個Pango Lineage系統來為基因體譜系命名。

參考文獻

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  1. ^ Release 4.3.1. 2023年7月26日 [2023年8月1日]. 
  2. ^ Real-Time Epidemiology for COVID-19. www.pathogensurveillance.net. [22 January 2021]. (原始內容存檔於2021-01-17). 
  3. ^ Rambaut, A.; Holmes, E.C.; O』Toole, Á.; et al. A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nature Microbiology英語Nature Microbiology. 2020, 5 (11): 1403–1407 [2021-05-15]. PMID 32669681. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. (原始內容存檔於2020-12-24).