檔案結構是檔案存放在磁碟等儲存裝置上的組織方法。主要體現在對檔案和目錄的組織上。檔案結構是每一類檔案所特有的，大部分檔案的結構都如下：
檔案類型的辨識代碼（如GIF為GGIF，BMP為BM等） 資料（每一種檔案類型的資料都是不一樣的）。
當然，還有一些沒有檔案類型的辨識代碼（如INI、INF）甚至沒有固定的檔案結構的檔案類型（如DAT、TXT）。
