馬元飛（1943年6月—），男，江西樂平人，中華人民共和國政治人物。
1995年，當選為合肥市人民政府市長。1995年，任合肥工業大學副董事長。1998年1月再次當選為合肥市市長。次年5月，任中共合肥市委書記[1]。
