吴本杰(?—?),字芷献,湖北钟祥人[1],清朝官员。
吴本杰于1886年(光绪12年)奉旨接替程起鹗,于台湾地区担任台湾府知府。而此官职是台湾清治时期此期间,受台湾道制约的台湾地方父母官。(不含台北)