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微RNA与微RNA靶数据库

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小分子核糖核酸（microRNA，miRNA，微RNA）是一类由内源基因编码的长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA 分子,它们在动植物中参与转录后基因表达调控[1].。microRNA (微RNA)参与各种各样的生物学过程，包括凋亡、增殖、分化和细胞周期。此外，microRNA(微RNA)还与肿瘤和其他疾病的发生和发展相关。这里收集了目前比较流行的microRNA（微RNA）基因及其靶基因数据库，以便大家使用和查询.

microRNA靶基因数据库

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数据库名字 数据库描述 数据库类型 网页链接 参考文献
targetScan targetScan 搜寻动物的microRNA靶基因。 database,webserver website （页面存档备份，存于互联网档案馆） [2]
starBase starBase 从高通量的CLIP-Seq实验数据（CLIP-Seq和HITS-CLIP）和降解组实验数据中（degradome sequencing）搜寻micorRNA的靶标。提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标 database website [3]
PicTar PicTar 联合的microRNA靶标预测。 database,webserver,predictions website [4]
PITA PITA基于靶位点的可接性（target-site accessibility）预测microRNA的靶标。 webserver,predictions predictions （页面存档备份，存于互联网档案馆） [5]
RNA22 RNA22基因序列特征预测microRNA的结合位点。 webserver,predictions webserver [6]
miRecords 一个整合的microRNA靶标数据库。 database website [7]
TarBase 一个全面收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。 database website [8]
miRTarBase 一个全面收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。 database website [9]

MicroRNA数据库

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数据库名字 数据库描述 数据库类型 网页链接 参考文献
deepBase deepBase 从新一代测序技术（深度测序技术，deep-sequencing）数据中注释和鉴定microRNA，piRNA，siRNA基因及长非编码RNA基因及其他们的表达模式。 database website [10]
miRBase miRBase 数据库是查询和发布发表的microRNA基因。 database website （页面存档备份，存于互联网档案馆） [11]
microRNA.org microRNA.org 构建和查询microRNA的表达模式及microRNA的靶标。 database website [12]
miRGen miRGen研究动物的microRNA基因组织和功能。 database website （页面存档备份，存于互联网档案馆） [13]
miRNAMap miRNAMap: 动物microRNA基因的基因组的map和microRNA的靶基因。 database website [14]
PMRD 植物microRNA数据库 database website （页面存档备份，存于互联网档案馆） [15]
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参考资料

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  1. ^ Bartel, DP. MicroRNAs: target recognition and regulatory functions. Cell. 2009, 136 (2): 215–33. PMID 19167326. doi:10.1016/j.cell.2009.01.002. 
  2. ^ Lewis BP, Burge CB, Bartel DP. Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets.. Cell. 2005, 120 (1): 15–20. PMID 15652477. doi:10.1016/j.cell.2004.12.035. 
  3. ^ Yang JH, Li JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH. starBase: a database for exploring microRNA–mRNA interaction maps from Argonaute CLIP-Seq and Degradome-Seq data.. Nucl. Acids Res. 2010, (Database issue): 1–8. PMID 21037263. doi:10.1093/nar/gkq1056. 
  4. ^ Krek A, Grün D, Poy MN, Wolf R, Rosenberg L, Epstein EJ, MacMenamin P, da Piedade I, Gunsalus KC, Stoffel M, Rajewsky N. Combinatorial microRNA target predictions.. Nat Genet. 2005, 37 (5): 495–500. PMID 15806104. doi:10.1038/ng1536. 
  5. ^ Kertesz M, Iovino N, Unnerstall U, Gaul U, Segal E. The role of site accessibility in microRNA target recognition.. Nat Genet. 2007, 39 (10): 1278–84. PMID 17893677. doi:10.1038/ng2135. 
  6. ^ Miranda KC, Huynh T, Tay Y, Ang YS, Tam WL, Thomson AM, Lim B, Rigoutsos I. A pattern-based method for the identification of MicroRNA binding sites and their corresponding heteroduplexes.. Cell. 2006, 126 (6): 1203–17. PMID 16990141. doi:10.1016/j.cell.2006.07.031. 
  7. ^ Xiao F, Zuo Z, Cai G, Kang S, Gao X, Li T. miRecords: an integrated resource for microRNA-target interactions.. Nucl. Acids Res. 2009, 37 (Database issue): D105–110. PMID 18996891. doi:10.1093/nar/gkn851. 
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  9. ^ Hsu SD, Lin FM, Wu WY, Liang C, Huang WC, Chan WL, Tsai WT, Chen GZ, Lee CJ, Chiu CM, Chien CH, Wu MC, Huang CY, Tsou AP, Huang HD. miRTarBase: a database curates experimentally validated microRNA-target interactions.. Nucleic acids research. 2010, 39 (Database issue): D163–169. PMID 21071411. doi:10.1093/nar/gkq1107. 
  10. ^ Yang JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH. deepBase: a database for deeply annotating and mining deep sequencing data.. Nucl. Acids Res. 2010, 38 (Database issue): D123–130. PMC 2808990 可免费查阅. PMID 19966272. doi:10.1093/nar/gkp943. 
  11. ^ Griffiths-Jones S, Saini HK, van Dongen S, Enright AJ. miRBase: tools for microRNA genomics.. Nucl. Acids Res. 2008, 36: D154–D158. PMC 2238936 可免费查阅. PMID 17991681. doi:10.1093/nar/gkm952. 
  12. ^ Betel D, Wilson M, Gabow A, Marks DS, Sander C. The microRNA.org resource: targets and expression.. Nucl. Acids Res. 2007, 36 (Database issue): D149–153. PMC 2238905 可免费查阅. PMID 18158296. doi:10.1093/nar/gkm995. 
  13. ^ Megraw M, Sethupathy P, Corda B, Hatzigeorgiou AG. miRGen: a database for the study of animal microRNA genomic organization and function.. Nucl. Acids Res. 2007, 35 (Database issue): D149–55. PMC 1669779 可免费查阅. PMID 17108354. doi:10.1093/nar/gkl904. 
  14. ^ Hsu PW, Huang HD, Hsu SD, Lin LZ, Tsou AP, Tseng CP, Stadler PF, Washietl S, Hofacker IL. miRNAMap: genomic maps of microRNA genes and their target genes in mammalian genomes.. Nucl. Acids Res. 2006, 34 (Database issue): D135–139. PMC 1347497 可免费查阅. PMID 16381831. doi:10.1093/nar/gkj135. 
  15. ^ Zhang Z, Yu J, Li D, Zhang Z, Liu F, Zhou X, Wang T, Ling Y, Su Z. PMRD: plant microRNA database.. Nucl. Acids Res. 2010, 38 (Database issue): D806–813. PMC 2808885 可免费查阅. PMID 19808935. doi:10.1093/nar/gkp818. 

延伸阅读

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外部链接

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