海军金门基地指挥部，简称海军金指部，为中华民国海军所属指挥部之一，前身为海军金门巡防处。
海军金门基地指挥部（驻福建省金门县—— “？？部队”）
指挥官：一位，中校[1]
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辅助舰艇 |
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| 巡逻舰（13艘） | |
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| 导弹快艇（31艘） | | 光华六号级（31艘） | FACG-60、FACG-61、FACG-62、FACG-63、FACG-64、FACG-65、FACG-66、FACG-68、FACG-69、FACG-70、FACG-71、FACG-72、FACG-73、FACG-74、FACG-75、FACG-77、FACG-78、FACG-79、FACG-80、FACG-81、FACG-82、FACG-83、FACG-84、FACG-86、FACG-87、FACG-88、FACG-89、FACG-90、FACG-91、FACG-92、FACG-93 |
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| 猎雷舰（6艘） | | 永丰级（4艘） | 永丰、永嘉、永定、永顺 |
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| 永靖级（2艘） | 永靖、永安 |
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| 扫雷舰（1艘） | |
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| 布雷艇（4艘） | | 快速布雷艇（4艘） | FMLB-1、FMLB-2、FMLB-3、FMLB-5 |
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| 补给舰（2艘） | |
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| 登陆舰（9艘） | |
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| 登陆艇（63艘） | | 通用登陆艇（13艘） | SB-2、合成、合功、合群、合川、合潮、合永、合茂、合寿、合春、合耀、合贞、合忠 |
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| 机械化登陆艇 (50艘) | 1154、1156、1158、1159、1160、1161、1162、1181、1227、1228、1234、1239、1240、1253、1256、1281、1265、1269、1282、1288、1315、1317、1318、1319、1320、1325、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1333、1335、1336、1337、1338、2230、2239、2250、2261、2275、2276、2284、2309、2367、2408、2412、2423、2428 |
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| 勤务舰艇（5艘） | |
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