朱慧昌(?-1795年)為中國清朝官員,本籍浙江。朱慧昌於1794年(乾隆59年)以鹿港同知身分奉旨接替遇昌,於台灣地區擔任台灣府知府。而此官職是台灣清治時期此期間,受台灣道制約的台灣地方父母官。翌年,卸任回任鹿港同知。
1795年,他因陳周全民變陣亡殉職。