菲律賓海溝是位於菲律賓群島以東的海溝，從呂宋島之東北方伸延至印尼哈馬黑拉的摩鹿加群島，長約1,320公里，闊約30公里。其最深處深約13,986公尺。
菲律賓海溝形成的原因是板塊的碰撞，由玄武岩組成較重的菲律賓板塊以每年16厘米的速度沉到由花崗岩組成較輕的歐亞板塊之下。兩塊板塊的交匯之處就是菲律賓海溝。
