卓尼设治局,民國時設置於甘肃省的設治局,位于甘肃西南部,今甘肃省卓尼县。
辖地原为卓尼世袭土司杨氏领地。民国二十八年(1939年)以卓尼土司辖地改置[1][2]。设治局局所驻卓尼(今甘肃省卓尼县驻地柳林镇),隶属于甘肃省第一行政督察区。1959年5月,改为卓尼自治区。