AMBER力场

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AMBER
Assisted Model Building with Energy Refinement
原作者 Peter Kollman, David Case, Tom Cheatham, Ken Merz, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling, Ray Luo, Junmei Wang, Ross Walker
開發者 UCSF
初始版本 2002年,​15年前​(2002
穩定版本 Amber16, AmberTools16(2016年4月30日,​10個月前​(2016-04-30
開發狀態 活跃
编程语言 C, C++, Fortran 95
操作系统 Windows, OS X, Linux, Unix, CNK
系統平台 x86, Nvidia GPU, Blue Gene
文件大小 视情况
语言 英语
类型 分子动力学
许可协议 Amber: 专有软件
AmberTools: GPL, 公有领域, 其它开源软件
網站 ambermd.org

AMBER力场是在生物大分子的模拟计算领域有着广泛应用的一个分子力场。开发这个力场的是Peter Kollman课题组,最初AMBER力场是专门为了计算蛋白质核酸体系而开发的,计算其力场参数的数据均来自实验值,后来随着AMBER力场的广泛应用,包括Kollman在内的很多课题组对AMBER力场的内容不断进行丰富,逐渐开发出了一个可以用于生物大分子有机小分子和高分子模拟计算的力场体系。但是总体来讲,AMBER力场的优势在于对生物大分子的计算,其对小分子体系的计算结果常常不能令人满意。

AMBER力场的势能函数形势较为简单,所需参数不多,计算量也比较小,这是这个力场的一大特色,但也在一定程度上限制了这个力场的扩展性。本力场用谐振子模型计算键长伸缩能和键角弯转能,用傅立叶级数的形式来描述二面角扭转能,选用Lennard-Jones势来模拟范德华力;用库仑公式来描述静电相互作用,其势能表达式为[1]

现在有很多主流计算软件包应用了AMBER力场,其中除了Kollman课题组开发的AMBER软件之外,还有Insight IISybylCerius2MOEHyperChem等。

参见[编辑]

参考资料[编辑]

  1. ^ Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, Merz KM Jr, Ferguson DM, Spellmeyer DC, Fox T, Caldwell JW, Kollman PA. A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117: 5179–5197. doi:10.1021/ja00124a002. 
编辑 分子力场