西庙台子站位于哈尔滨铁路枢纽江北联络线,西咽喉的两条正线分别连接到滨洲铁路的庙台子站与万东线路所,东咽喉一条正线沿江北联络线到徐南线路所。
车站原有到发线4条,含2条正线。到发线有效长825m-937m。改造后新增到发线1条,到发线延长至1050米,全部实现电气化。[1]