南京市第九中學最初創辦於1925年，為教會小學，校址位於碑亭巷（現玄武區碑亭巷51號）。1929年以「震旦大學法文補習班」名義辦學，1933年改名「私立震旦初級中學」，1939年改名南京利濟中學，1945年後改為震旦中學並增設「震旦中學女子部」，地址在石鼓路天主教堂（莫愁路355號），1946年11月22日，南京震旦中學為避免與揚州震旦中學校名重複，改為南京私立弘光中學，並增設高中部。1951年改為南京市第九中學。文革前便為江蘇省16所重點中學之一。1959年學校被評為「全國文教社會主義建設先進單位」。1998年學校通過國家級示範高中驗收，由省重點中學升為國家級重點中學。自1990年以來，學校曾獲得江蘇省模範中學、江蘇省德育先進學校、江蘇省文明單位等多項榮譽稱號。2002年合併成為東南大學附屬中學。2004年學校與原南京理工大附中合併，原校址演變為南京市第九中學震旦校區，位於玄武區中山門外小衛街。2007年爆發學生運動，移校至震旦校區計劃延遲。現在高一高二年級在本校區就讀，高三年級在震旦校區就讀。
除正常高中文理班之外，學校還有文藝特色班，以及全國聞名的高中籃球隊。
入選過中國國家隊的唐正東、易立等人都曾為九中效力。
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