孫元亨（？—696年12月26日），唐朝大臣。
696年四月，時任檢校夏官侍郎（兵部侍郎）的孫元亨被任命為同鳳閣鸞臺平章事。明堂縣尉吉頊、合宮縣尉來俊臣密告箕州刺史劉思禮、洛州錄事參軍綦連耀、鳳閣舍人（中書舍人）王勮謀反。河內王武懿宗（武則天伯父武士逸的孫子）命劉思禮牽連朝廷官員，說這樣可以免死。劉思禮誣告鳳閣侍郎（中書侍郎）同平章事李元素、孫元亨、知天官侍郎事石抱忠、劉奇、給事中周譒及王勮的哥哥涇州刺史王勔、弟弟監察御史王助等，共三十六家，萬歲通天二年正月廿四（696年12月26日），全被滅族。
