金光祖(?—1690年),漢軍正白旗人,清朝官員。
順治十六年(1659年)任吏部郎中兼佐領,累遷福建右布政使,進廣西巡撫。康熙九年(1670年),擢兩廣總督。吳三桂叛清後,被誘降,但不久因受排擠,投靠尚之信,合謀重新降清。聖祖令其戴罪立功。二十年(1681年),率部隨征雲南。三藩之亂平定後,被劾革職歸旗。