棕櫚科各亞科的親緣關係如下(節點有「*」標誌的分支表示其自助法支持率介於50-80%之間,無標誌者為80%以上)[1]:
檳榔亞科 Arecoideae
蠟椰亞科 Ceroxyloideae
貝葉棕亞科 Coryphoideae
水椰亞科 Nypoideae
省藤亞科 Calamoideae