棕榈科各亚科的亲缘关系如下(节点有“*”标志的分支表示其自助法支持率介于50-80%之间,无标志者为80%以上)[1]:
槟榔亚科 Arecoideae
蜡椰亚科 Ceroxyloideae
贝叶棕亚科 Coryphoideae
水椰亚科 Nypoideae
省藤亚科 Calamoideae